随着公法私法化、服务型政府建设和优化营商环境的深入推进,行政协议在行政管理领域得到了广泛应用,但行政协议纠纷也随之增多。双方主体地位不对等、行政机关享有行政优益权是行政协议纠纷产生的重要原因,也是肇致相对人权利受损的主要缘由。而行政协议在我国正式确立和应用的时间较短,尚未形成成熟的理论制度和保护体系,加之行政协议中相对人的权利与一般行政相对人的权利存在区别,使得行政协议中相对人权利保护问题日益凸显。故而,如何完善行政协议中相对人权利保护体系成为当下亟待解决的问题。本文从立法、司法和执法三个层面综合分析行政协议在我国的发展现状,总结出目前行政协议中相对人权利保护主要存在以下三方面问题:一是行政协议订立阶段,行政机关享有绝对选择权力且订立范围不当扩大,而行政相对人却没有相应权利得以抗衡;二是行政协议履行阶段,存在非诉执行制度正当性不足和情势变更原则下相对人的变更解除权缺失的问题,造成行政协议的合同属性被弱化、相对人的应有权利被侵害;三是行政协议终止阶段,公共利益边界模糊和相对人撤销权法律适用规则瑕疵,导致陷入对行政优益权的规制不力和相对人撤销权行使无明确制度可依的困境。行政协议是一种带有行政性质的合同,双方互负权利与义务,任意一方目的不能实现都是对行政协议订立初衷的违背。行政协议中相对人是受利益侵害较多的一方,为切实保障行政协议制度的健康发展,对相对人权利进行保护具有必要性和现实性。针对行政协议中相对人权利保护存在的主要问题,基于我国现行的法律制度,建议从确定行政协议的订立标准、规范履行制度、明确终止规则三个方面解决相对人的权利保护问题。首先,构建行政协议订立公示和备案登记程序,制定行政协议订立范围负面清单;其次,优化非诉强制执行制度,规定相对人情势变更原则下的变更解除权;最后,运用价值填充法阐释公共利益,确定相对人撤销权法律适用规则。