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目的:利用二代测序技术(Next-generation sequencing technology,NGS),探索能预测应用内分泌治疗±周期蛋白依赖性激酶4/6(cyclin-dependent kinases4/6,CDK4/6)抑制剂的晚期乳腺癌患者临床疗效的生物标志物,为确定用药最佳人群提供线索。探索循环肿瘤DNA(circulating tumor DNA,ctDNA)在对肿瘤患者用药疗效监测中的作用。研究患者用药进展后与基线的基因突变情况,为发现药物相关的耐药机制提供依据。
方法:所有病例资料来自于2015年8月21日至2018年8月20日于辽宁省肿瘤医院乳腺内科入组内分泌治疗±CDK4/6抑制剂临床试验的激素受体阳性(hormone receptor positive,HR+)/人类表皮生长因子受体2阴性(human epidermal growth factor receptor-2negative,HER2-)晚期乳腺癌患者,共40例患者被纳入本研究。利用NGS对患者的基线组织标本和ctDNA标本进行422panel基因检测。为了寻找与患者生存相关的生物标志物,采用Cox回归分析评价相关临床因素是否可作为预后的独立危险因素。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,用Log-Rank检验评价组间的差异性。为了探索ctDNA动态监测能否评估治疗疗效,使用卡方检验比较部分缓解(PR)组与疾病稳定(SD)组患者基因突变清除率的差异。采用配对卡方检验来比较患者进展后基因突变率与基线基因突变率的差异,以研究CDK4/6抑制剂的耐药机制。
结果:40例患者基线突变频率较高的基因为PIK3CA(42.5%),TP53(22.5%),ZNF703(22.5%),RB1(22.5%),FGFR1(17.5%),CCND1(15.0%),ARID1A(15.0%)。仅发现治疗线别是影响患者PFS的独立危险因素(P=0.026),晚期一线治疗患者的PFS优于二线治疗。ZNF703突变不是患者PFS(P=0.076)和OS(P=0.108)的独立危险因素,FGFR1突变不是患者OS(P=0.375)的独立危险因素。用药治疗3个月后,对33例患者的ctDNA进行了检测,其中PR组突变清除患者10人(58.8%),高于SD组4人(26.7%),但差异无统计学意义(P=0.087)。23例患者出现疾病进展,进展后较为常见的突变基因为PIK3CA(34.8%),ESR1(30.4%),TP53(17.4%),CREBBP(13.0%),与基线基因突变率进行比较,仅ESR1突变率的差异有统计学意义(P=0.016)。而对于RB1,基线时为基因拷贝数目改变,但在患者进展后被检测到获得性耐药RB1基因p.Q257X变异截断性突变。
结论:1.HR+/HER2-晚期乳腺癌常见的突变基因为PIK3CA、TP53、ZNF703、RB1、FGFR1、CCND1、ARID1A,尚无有效的基因突变能预测预后,仅发现治疗线别是患者PFS的独立危险因素。2.PR组患者ctDNA基因突变清除率高于SD组,但差异无统计学意义。ctDNA动态监测突变清除可提示治疗有效的PR患者,但还需进一步验证。3.患者耐药后ESR1突变率较基线显著增高。RB1在基线为基因拷贝数目改变,但耐药后检测到其获得性截断突变。
方法:所有病例资料来自于2015年8月21日至2018年8月20日于辽宁省肿瘤医院乳腺内科入组内分泌治疗±CDK4/6抑制剂临床试验的激素受体阳性(hormone receptor positive,HR+)/人类表皮生长因子受体2阴性(human epidermal growth factor receptor-2negative,HER2-)晚期乳腺癌患者,共40例患者被纳入本研究。利用NGS对患者的基线组织标本和ctDNA标本进行422panel基因检测。为了寻找与患者生存相关的生物标志物,采用Cox回归分析评价相关临床因素是否可作为预后的独立危险因素。采用Kaplan-Meier法绘制生存曲线,用Log-Rank检验评价组间的差异性。为了探索ctDNA动态监测能否评估治疗疗效,使用卡方检验比较部分缓解(PR)组与疾病稳定(SD)组患者基因突变清除率的差异。采用配对卡方检验来比较患者进展后基因突变率与基线基因突变率的差异,以研究CDK4/6抑制剂的耐药机制。
结果:40例患者基线突变频率较高的基因为PIK3CA(42.5%),TP53(22.5%),ZNF703(22.5%),RB1(22.5%),FGFR1(17.5%),CCND1(15.0%),ARID1A(15.0%)。仅发现治疗线别是影响患者PFS的独立危险因素(P=0.026),晚期一线治疗患者的PFS优于二线治疗。ZNF703突变不是患者PFS(P=0.076)和OS(P=0.108)的独立危险因素,FGFR1突变不是患者OS(P=0.375)的独立危险因素。用药治疗3个月后,对33例患者的ctDNA进行了检测,其中PR组突变清除患者10人(58.8%),高于SD组4人(26.7%),但差异无统计学意义(P=0.087)。23例患者出现疾病进展,进展后较为常见的突变基因为PIK3CA(34.8%),ESR1(30.4%),TP53(17.4%),CREBBP(13.0%),与基线基因突变率进行比较,仅ESR1突变率的差异有统计学意义(P=0.016)。而对于RB1,基线时为基因拷贝数目改变,但在患者进展后被检测到获得性耐药RB1基因p.Q257X变异截断性突变。
结论:1.HR+/HER2-晚期乳腺癌常见的突变基因为PIK3CA、TP53、ZNF703、RB1、FGFR1、CCND1、ARID1A,尚无有效的基因突变能预测预后,仅发现治疗线别是患者PFS的独立危险因素。2.PR组患者ctDNA基因突变清除率高于SD组,但差异无统计学意义。ctDNA动态监测突变清除可提示治疗有效的PR患者,但还需进一步验证。3.患者耐药后ESR1突变率较基线显著增高。RB1在基线为基因拷贝数目改变,但耐药后检测到其获得性截断突变。