长期以来，边防理论界和学者对边防行政检查的内涵、法律性质并未进行深入研究和思考，导致其与出入境管理活动中不同阶段、不同性质的行政行为混为一谈。本文在行政法理论的指导下，通过对边防行政检查的概念和特征及其法律性质的分析，得出了边防行政检查是边防检查机关基于法律授权，以保障社会安全、维持出入境秩序、服务出入境人员为目的对出入境人员，交通工具所做出的方式查询、查察或检验等行为；其法律性质是无意思表示，不为相对人设立、变更或消灭权利义务的行政事实行为；边防行政检查通常是行政许可的后阶段行为，同时又是行政处罚的先阶段行为的结论。在此基础上，笔者进一步对边防行政检查的分类以及适用原则进行探讨，得出了边防行政检查应分为自主性检查行为与协助性检查行为；边防行政检查应遵守法律优先、法律保留和比例原则的结论，并对边防行政检查适用的基本原则在边防行政检查中的实践进行了讨论，以保证执法的合法性和合理性。该结论填补了对边防行政检查法律性质研究的空白，对深化边防行政检查的认识、推进边防行政检查法治化进程、促进依法行政有较大的理论价值和实践意义。