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农业在我国经济发展中具有重要性,农业上市公司作为农业经济的代表,研究农业上市公司的绩效十分重要,提高农业上市公司绩效可以带动整个农业产业链,促进农民增收,故本文选择了35家在沪深两市A股上市的我国农业上市公司为研究总体,利用2007-2010年的截面数据,对我国农业上市公司治理结构与经营绩效之间的关系进行研究。目前学术界关于治理结构与绩效关系的研究往往只考虑一个或几个治理结构与绩效的关系,很少从整体视角研究二者的关系；此外,大多数学者在研究中并未考虑内生性的影响。因此本文先构建一个公司治理指数CI,然后从整体视角研究其与经营绩效的关系。查阅文献可以发现,一般以两阶段最小二乘法(2SLS)研究公司治理结构与经营绩效关系的学者在实证中多数采用这个思路：先不考虑内生性,采用普通最小二乘(OLS)进行回归；然后对解释变量进行内生性检验,在存在内生性的情况下选择合适的工具变量对治理结构与经营绩效进行2SLS回归。故本文也遵循上述思路开展研究。本文首先对我国农业上市公司进行界定,确定了53家农业上市公司为本文的研究总体,然后对53家农业上市公司的特点和基本情况进行分析,并对治理结构与经营绩效分别进行了描述性统计分析,对我国农业上市公司的基本现状形成初步认识。然后本文从53家农业上市公司中选择了35家农业上市公司作为研究样本,从股权结构、董事会构成和管理层激励三个方面选择11个指标进行因子分析,构建了一个我国农业上市公司治理指数CI。之后我们从整体视角研究公司治理结构与经营绩效的关系,分别以公司治理指数CI和每股收益EPS为农业上司公司治理结构的变量和经营绩效的变量,选择了资产负债率DBR、第一大股东持股比例平方H1、公司所在省份REGION为控制变量,构建了公司治理结构与绩效之间的关系模型。我们提出三个基本假设,先用OLS对模型进行回归。之后本文采用Hausman检验对解释变量进行内生性检验,结果表明公司治理指数CI存在内生性,因此我们对模型进行了2SLS回归,选择的工具变量为管理层持股比例PER。通过实证分析,我们得出以下结论：(1)考虑内生性的情况下,公司治理结构对经营绩效都是正向影响的。(2)考虑内生性后,变量的显著性都有提高,系数也发生了变化,CI、DBR、H1、 REGION的系数分别由0.036、0.273、0.755、0.164变为2SLS下的0.048、0.289、0.738、0.155,因此内生性下公司治理结构对经营绩效的影响提高了1.2个百分点。(3)无论是否考虑内生性,资产负债率对经营绩效都有正向的影响。我们认为当公司资产负债率提高时,债权方会加大对公司的监督,降低了管理层的代理风险,公司的绩效有所提升。(4)第一大股东持股比例平方H1与公司绩效正相关。