2007年9月国务院发布了《国务院关于试行国有资本经营预算的意见》,规定部分中央企业于2007年开始试行国有资本经营预算,自预算实施以来,对国有资本经营预算审计的理论研究与实务操作便已开始,但是理论研究与实务操作有脱钩现象,多数对国有资本经营预算审计的理论研究只局限于国有资本经营预算审计的性质；国有资本经营预算审计的重点,比如关注企业收益的真实性、支出的合法性与合规等等对国有资本经营预算的初步探索内容。没有明确提出有关国有资本经营预算的主、客体；对每一客体的审计具体内容；对国有资本经营预算过程中的具体内容审计,比如预算编制、预算执行、收益收缴等内容的审计,目前可见的国有资本经营预算审计研究文献和工作总结较少。这种情况既不利于国有资本经营预算审计工作的开展,影响国有资本的保值增值,影响国有经济的发展和产业结构的调整；也不利于国有资本经营预算审计的充分公开,接受公众的外部监督。本文以目前国有经营资本预算的实施情况为对象,分析和阐述了国资委、国有资本营运机构和国有(独资、控股和参股)企业审计的基本内容；国有资本经营预算审计的主体、客体及范围；国有资本经营预算审计中的预算编制审计、预算执行审计、支出项目审计；搜集目前中央和地方国有资本经营收益上缴情况,分析和阐述收益收缴审计相关问题；对比国外国有资本经营收益收缴比例,重点讨论我国国有资本经营收益收缴比例审计。试图从这些问题的讨论中得出有助于加强国有资本经营预算审计的建议,从而完善国有资本经营预算制度,发挥其在国企改革和国有经济发展中的作用。本文首先分析国内外对政府审计、国有资本经营预算和审计的现状,然后研究公共受托责任理论、产权理论、预算软约束理论、委托代理理论和审计的免疫系统理论等论文的理论基础和国有资本经营预算及审计相关概念,并以此为前提讨论国有资本经营预算审计的主体、客体、范围、目标、标准,结合目前审计实施情况,发现预算审计存在着如下问题：审计人员数量和质量难以满足要求；对审计的认识不足；没有建立企业国有资本经营预算专项审计制度；预算编制粗放对审计产生不利影响；收益收缴审计范围不足；收益收缴比例不科学不利于评价等问题,由此笔者提出在审计人员、企业国有资本经营预算审计、预算编制、收益收缴比例等方面的改进措施,进而提高了对国有资本经营预算的审计水平。