科技进步推动了人类历史上的三次产业革命,彻底改变了人类的生活方式。科技进步所带来的巨大能量引起世界各国的关注,高校作为人才培养和基础研究的重要基地,其科研角色不容忽视。市场经济体制下,高校科技实力强弱关系到我国在激烈国际竞争中的地位。胡锦涛主席在党的十八大报告中指出：近年来我国科技改革得到了稳步推进,但科技创新能力不强,发展不平衡、不协调、不可持续的问题仍然突出。深入探讨高校科技系统存在的问题,对于提升我国科技水平,促进经济发展有着重大的理论与现实的双重意义。通过对我国高校科技发展现状与美国、日本、德国等发达国家的高校科技投入水平的横向与纵向比较发现,我国对高校科技投入力度与发达国家相比仍有一定差距；对我国31省高校科技投入产出现状的定性分析中,发现目前我国高校科技发展严重不平衡。本文从高校科技进步贡献率、高校科技与经济综合协调发展评价、高校科技投入产出结构三个方面层层深入,对高校科技进行全面细致的分析评价。文章首先采用C-D生产函数与产出值法结合,将高校科技进步贡献率从科技贡献率中有效的分离出来,并运用卡尔曼滤波估计对参数进行有效估计,减少估计误差,建立高校科技进步对经济发展贡献率的量化模型。实证分析我国与美国、德国、日本的高校科技进步贡献率差异,比较分析发现我国高校科技进步贡献率水平与美国、德国仍存在较大差距,高校科技的地位仍有待提高。为定量分析我国高校科技与经济协调发展水平,将模糊综合评价理论与协同学理论结合,建立我国高校科技与经济综合协调发展评价模型。利用我国2009年至2011年31省数据进行实证分析结果表明,我国高校科技与经济的协调发展现状不容乐观,超过一半省份濒临失调或严重失调。为优化我国高校科技投入结构,采用面板数据模型对我国31省高校科技投入产出结构进行进一步分析,计算高校科技投入指标的边际贡献,为优化资源配置提供科学的政策依据。结果表明,各项投入指标对不同产出指标的边际贡献差异显著。因此在发展地区高校科技时,需要根据地区实际情况,提高边际贡献较高的高校科技投入要素,调整科技投入结构,优化科技资源配置。