鸡形目是鸟类中一个重要类群,与人类生活关系密切。虽然已有很多学者采用不同类型数据对鸡形目的系统发育关系进行了研究,但是由于该类群部分分支经历了快速的适应辐射,鸡形目内部的系统发育关系仍存在争议。近年来,线粒体基因组序列被广泛运用到鸡形目多个层面的研究中,并被认为是重建鸡形目系统发育关系和进化历史的一个有效工具。本研究测定了7种鸡形目物种(海南山鹧鸪、中华鹧鸪、斑尾榛鸡、褐马鸡、白马鸡、灰山鹑和暗腹雪鸡)的线粒体基因组序列,联合数据库已有的其他鸡形目鸟类线粒体基因组序列,采用比较基因组学、谱系基因组学方法对鸡形目各类群进行了分析。得到的主要结论如下：1.7种鸡形目鸟类线粒体基因组长度介于16658-16730bp之间,编码37个基因(13个蛋白编码基因,2个rRNA基因和22个tRNA基因),外加1个控制区。线粒体基因组组成和基因排序与其他已发表的鸡形目鸟类一致。2.鸡形目山鹧鸪属、榛鸡属、马鸡属、山鹑属和雪鸡属的属内比较研究发现,同一属内物种的线粒体基因组碱基组成、偏向性、密码子使用频率、RNA二级结构、控制区结构等方面类似。除马鸡属部分基因外,其他属蛋白编码基因的Ka/Ks值均小于1,显示出受到了纯化选择作用。3.鸡形目鸟类的线粒体基因组长度介于16658-16841bp之间,平均长度为16705bp；其中,原鸡属线粒体基因组序列相对较长。鸡形目鸟类线粒体基因组A+T含量略高于G+C含量,且存在弱的A-偏斜和明显的C-偏斜。J链编码的基因具有A/C-偏斜,而N链编码的基因具有T/G-偏斜。蛋白编码基因中,密码子第3位点具有明显的A/C-偏斜。4.鸡形目线粒体基因组蛋白编码基因优先选择NNM类型的密码子。12SrRNA二级结构中3个结构域的保守性类似；16S rRNA二级结构的6个结构域中,结构域Ⅳ和V的序列相对较保守,而结构域Ⅵ和Ⅲ变异较大。除tRNASer(AGY)缺失DHU臂外,其他tRNA均可形成典型的三叶草二级结构。D-loop的3个结构域中,结构域Ⅱ的保守性高于结构域Ⅰ和Ⅲ；鸡形目部分物种的D-loop包含串联重复序列。5.鸡形目线粒体基因组之间的遗传距离(P-距离)介于0.001-0.197之间；除鹑属外,其他属的属内P距离均小于属间P距离。6.鸡形目7个科的系统发育关系为((((((松鸡科+吐绶鸡科)+雉科)+齿鹑科)+珠鸡科)+凤冠雉科)+冢雉科)。其中,冢雉科位于鸡形目的基部位置；松鸡科和吐绶鸡科镶嵌在雉科内部；山鹧鸪属和锈红林鹧鸪分支位于雉科的基部位置。不支持雉类和鹑类的单系性。7.鸡形目鸟类最早的分化发生在晚白垩纪。雉科物种的起源和分化均出现在始新世。雉科内部属的多样化早在始新世就已经开始,且在渐新世和中新世阶段不断扩大。青藏高原隆起和第四纪气候波动影响了部分雉科物种(例马鸡属)的起源和进化。8.线粒体基因组系统发育信息量主要来源于蛋白编码基因,其中,密码子第3位点具有较高的系统发育信号。鸡形目系统发育重建过程中,数据划分需考虑基因类型、编码链及密码子不同位点等因素。