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背景遗传性脊髓小脑性共济失调(Spinocerebellar ataxias,SCAs)是一类常见的神经系统退行性疾病,具有高度的临床和遗传异质性。患者多于中青年发病,临床表现主要为小脑性共济失调,可伴有构音障碍、意向性震颤、眼肌麻痹、眼震、锥体束征和(或)锥体外系表现等神经系统症状和体征;病变主要累及小脑、脑干、脊髓等;病理改变主要是神经元变性脱失和胶质增生;多呈常染色体显性遗传,也有少数散发病例。到目前为止,呈常染色体显性遗传的SCA已发现至少28种基因型,其中18种亚型的致病基因被克隆。在前期工作中,我们对一个来自中国湖南的SCA显性遗传家系患者进行突变检测和连锁分析排除了已知的SCA亚型;通过全基因组扫描结合单体型分析,将该SCA家系的致病基因定位于16q12.1-q13两个微卫星标记D16S3136与D16S3057之间15cM的区间,这是一新的SCA亚型的致病基因位点,暂命名为SCA31。目的克隆该新的遗传性脊髓小脑性共济失调亚型的致病基因。方法采用“位置候选克隆”策略,应用生物信息学等方法,筛选11个候选基因,设计合成扩增候选基因外显子及其与内含子交界的引物,用DNA直接测序法对PCR产物测序然后进行序列变异分析。结果应用生物信息学方法筛出11个候选基因,分别为TOX3、SALL1、NDRG4、CBLN1、BBS2、FTO、IRX5、IRX6、SLC6A2、NUDT21和POLR2C基因。应用DNA直接测序方法,共发现16个序列变异:SALL1基因的3823G＞A(rs4614723);NDRG4基因的IVS3+196G＞A(rs2427787),IVS8+77A＞G(rs40185),IVS14+74A＞C(rs42944);BBS2基因的209G＞A(rs4784677);FTO基因的IVS4+37A＞G(rs62033438),~*1380delG(rs708277),~*2108G＞A(rs5816925);IRX6基因的IVS1+78A＞T(rs31078),IVS1+93T＞C(rs31079);SLC6A2基因的IVS7-66T＞C(rs2279805),IVS8-13A＞C(rs57905851),IVS13+66C＞T(rs2242447);NUDT21基因的~*1199G＞A(rs8059717),IVS5+105G＞A(rs8056687);POLR2C基因的IVS5+8G＞A(rs601194)的序列变异,均是dbSNP数据库已经报道的单核苷酸多态。在CBLN1、TOX3、IRX5基因未发现任何序列变异。SALL1基因CAG重复次数为10次,TOX3基因CAG重复次数为7次,均为正常重复次数。结论排除TOX3、SALL1、NDRG4、CBLN1、BBS2、FTO、IRX5、IRX6、SLC6A2、NUDT21和POLR2C基因为此新的SCA亚型致病基因的可能;发现16个序列变异,分别是:SALL1基因的3823G＞A(rs4614723);NDRG4基因的IVS3+196G＞A(rs2427787),IVS8+77A＞G(rs40185),IVS14+74A＞C(rs42944);BBS2基因的209G＞A(rs4784677);FTO基因的IVS4+37A＞G(rs62033438),~*1380delG(rs708277),~*2108G＞A(rs5816925);IRX6基因的IVS1+78A＞T(rs31078),IVS1+93T＞C(rs31079);SLC6A2基因的IVS7-66T＞C(rs2279805),IVS8-13A＞C(rs57905851),IVS13+66C＞T(rs2242447):NUDT21基因的~*1199G＞A(rs8059717),IVS5+105G＞A(rs8056687):POLR2C基因的IVS5+8G＞A(rs601194),均是NCBI的dbSNP数据库已经报道的单核苷酸多态。