温州是全国首批沿海开放城市之一，改革开放造就了“温州人精神”。温州市场经济体制改革快速发展，走出了一条自己特色的新路子。但是，温州市医疗机构体制改革并没有像市场经济改革那样，先行走在全国前列。本文通过阐述温州市医疗机构体制改革的进程和现状，指出温州市医疗机构改革发展的两个特点，一是公立医疗机构改革的进程缓慢，公立医院占医疗市场90％以上的垄断地位没有改变：二是温州医疗改革从民营经济发展中得到重要启发。文章还提出了温州市医疗市场目前存在的医患关系紧张、医疗市场运行与管理的矛盾、政府对医疗机构发展定位不清以及民营医疗机构面临严峻挑战等问题。针对医疗市场普遍存在的问题和难点，文章运用新制度经济学理论，深入剖析政府政策与医院管理、院长与医务人员、医务人员和病人之间有关制度成本和交易费用的问题，以及制度安排对医疗机构运行的影响等。文章最后给出结论并通过建立一种简易的医疗市场管理系统模型，概括说明医疗市场利益相关者彼此之间的关系，为寻找医疗机构改革方向作了有益的探讨。