我国作为世界上最大的棉花生产国和消费国,棉花生产关乎到农业整体布局、棉区经济发展和农户收益,自2014年起我国在新疆启动目标价格改革试点工作,对于其余九个棉花主产省给予定额补贴。在此背景下,本文选择对中国棉花全要素生产率进行比较研究,不仅是基于我国棉花补贴政策改革试点、棉花种植业持续发展的客观需要,而且对于进一步提升技术效率、引导棉花生产向优势区域转移具有一定现实意义。本文利用HP滤波法分析了我国棉花播种面积波动周期,运用生产规模指数PSI分析了棉花生产布局变迁过程,同时我国棉花生产面临着种植比较效益不降、棉花生产机械化程度较低等问题。本文基于棉花生产过程中的成本收益数据,运用基于数据包络分析的Malmquist指数法,对我国10个棉花主产省(自治区)棉花全要素生产率增长率进行了测算,并将TFP的变动分解为技术进步变化和技术效率变化,旨在探讨中国棉花TFP变动的增长来源并考察我国棉花全要素生产率增长率的地域差距,基于棉花生产布局变迁过程将1978-2013年划分为三个阶段对全国三大棉区,即长江流域棉区、黄河流域棉区和西北内陆棉区进行了比较分析,得出如下结论:我国棉花全要素生产率增长率具有阶段性波动特征,经历了先迅速上升后逐渐下降,并且近年来增速趋缓甚至出现负值。从拉动全要素生产率增长的因素来看,技术进步变化是重要因素,而技术效率基本与全要素生产率增长率呈同向变动。同时,我国棉花全要素生产率增长率的变动在各棉区之间存在较大差别,黄河流域棉区全要素生产率经历了先增后减,而西北内陆棉区的全要素生产率一直处于正增长,长江流域棉区相较其他两个棉区波动更加复杂,经历了先减后增最后下降,并且通过面板计量模型分析发现各省TFP的增长率对播种面积变动有滞后影响。我国棉花全要素生产率σ-收敛趋势不明显,各产棉省的全要素生产率增长率差距较大,但条件β收敛的回归系数显著,各主产区将收敛于各自的稳定水平。新疆棉区相较其余两个棉区技术效率更高,选择在该地区试点目标价格补贴能够更好地发挥政策辐射效应,充分发挥区位优势。通过本文得出的结论,同时结合我国棉花补贴政策的变迁,提出有利于提高我国棉花全要素生产率增长的具体建议,优化我国棉区布局结构,依据棉花全要素生产率增长率有针对性的提出地区差异化对策,积极实施提升棉花科技水平行动。