多倍体在植物物种中分布广泛，约有半数以上的被子植物是多倍体或者进化史上发生过多倍体化。由于植物个体多倍化后出现新特点，使得其不仅在植物的遗传与进化上有着重要的研究价值，在农业的生产实践中也有着广泛的应用价值。连锁分析是基于孟德尔遗传定律，对标记之间的重组率与遗传距离进行推断的统计学方法，以连锁分析为基础制作的遗传图谱是遗传学领域最为重要的研究工具之一。然而，由于多倍体物种减数分裂时期存在的特殊细胞学现象----双减数分裂及配对倾向性使得传统的连锁分析模型不能适用多倍体物种。　　 在本文中，两个分别能够应用于同源四倍体与异源四倍体的连锁分析的统计学模型被提出。该系列模型基于三点连锁分析模型，整合了多倍体物种特有的细胞生物学现象。在最大似然法的框架下，结合EM最大期望估算法，该系列模型不仅可以对多倍体染色体组标记间的连锁进行准确的估算与检测，同时也能够获得衡量多倍体特有细胞生物学现象的参数。　　 一系列的模拟实验及真实数据分析表明，新的模型能够很好地应用到全信息分子标记以及部分信息分子标记数据中;此外研究还表明，与先前的多倍体两点连锁分析模型相比，基于三点分析的新模型能够得到更稳准确的重组率估算。　　 该系列三点模型为四倍体连锁分析提供了强有力的统计工具;同时，该模型可对四倍体特殊细胞学现象进行建模与量化，其估算结果在物种遗传多样性，多倍体起源方面的研究有着重要的意义。