2010年4月26日，财政部、证监会、审计署、银监会、保监会五部委联合颁布了《企业内部控制配套指引》，包括《企业内部控制应用指引》（即18项应用指引）、《企业内部控制评价指引》和《企业内部控制审计指引》。2011年，证监会发布031号函，要求我国境内外同时上市的公司应该聘请注册会计师对内部控制情况进行审计，并出具审计意见。同时，证监会要求上市公司还应出具与之相匹配的内部控制自我评价报告信息。上述措施极大地促进了我国上市公司的内部控制建设。本文从审计师的角度出发，研究内部控制缺陷本质属性和变化对审计费用的影响，以期给上市公司内部控制建设提供意见。首先，文章对国内外内部控制和审计费用的文献进行梳理，发现内部控制缺陷的研究虽然不少，但是内部控制缺陷和审计费用研究只停留在内部控制缺陷是否披露上，没有进一步深入，这也为本文的研究提供了一个契机。其次，通过对相关理论的梳理和研究，本文挖掘了内部控制和审计的共同理论基础：委托代理理论和风险管理理论。理论上的推导证实了内部控制与审计相互影响，从而也为本文研究内部控制缺陷与审计费用之间的联系奠定了基础。进一步地，本文认为审计费用是审计过程的价值体现，而审计师又掌控着整个审计过程，那么在研究内部控制缺陷和审计费用的关系时就需要从审计师的角度出发区分内部控制缺陷类型。在内部控制缺陷划分为会计层面内部控制缺陷和公司层面内部控制缺陷的基础上，本文提出了三个假设。然后，为了证明假设的成立与否，本文的实证部分主要包含了四大块内容。首先对收集的样本进行描述性统计，归纳了2010-2011年内部控制缺陷的披露情况、缺陷的修正情况，初步比较了不同类别的内部控制缺陷、内部控制缺陷的修正与否、连续两年缺陷披露的一致与否对审计费用影响的差别。其次通过相关性分析初步揭示了会计层面内控缺陷与审计费用的关系比较显著，而缺陷披露的一致性对审计费用的影响没有明显体现。再次，本文运用普通OLS对样本进行回归，结果显示会计层面内控缺陷与审计费用显著正相关，内部控制缺陷修正和审计费用显著负相关，缺陷披露的一致性与审计费用不相关。说明审计师在审计时更加关注会计层面的内控缺陷，上市公司是否存在会计层面内控缺陷直接影响审计程序的复杂程度，进而影响审计费用，而公司层面缺陷以及引发的审计风险暂时没有得到有效的关注。最后，为了确保结论的可靠性，本文采用处理效应模型和重新定义变量的方法对实证结果进行了稳健性检验，检验结果保持基本一致。最后，本文在总结了实证结果的基础上，从公司、审计师和监管者三个角度出发对内部控制建设提出一些建议以期为内部控制的发展和审计市场的规范做出微薄贡献。