土地制度是中国农村制度的根基,土地是国家粮食安全的基础。随着社会生产力的不断发展,城乡之间的资源流动难以平衡,广大农村地区面临发展动力不足问题。基于过去细碎零散化土地规模而产生的传统小农家庭式生产模式已经无法匹配当前的社会生产力要求,同时传统小农生产模式又限于自身条件而难以像现代化的新型农业生产模式顺利完成转型。因此在“建立土地承包经营权流转机制”的基础上国家提出了“三权分置”的制度构想,并通过《农村土地承包法》的修订初步完成了“三权分置”制度的建立,旨在协同解决农业和农民的发展问题。但在“三权分置”制度实践的过程中,部分地区却出现了与其制度目标相背离的实践结果,产生了土地资源利用效率降低下、农业现代化转型失败、农户土地权利遭到侵害的现象。究其原因,是由于当地的土地流转实践陷入了政府职能定位困境与新型经营主体培育的困境之中。政府职能定位困境的产生是由于在土地流转的过程中,农户凭借自身能力难以有效行使其选择权实现土地流转,这就要求政府需要在土地流转中承担“服务者”与“监管者”的角色。但随着政府参与土地流转过程的深入,不可避免的将自身的行政压力导入土地流转的过程之中,试图通过土里流转的方式完成其政绩任务,最终形成了政府主导土地流转的后果。而在政府的主导之下,农业生产经营面临着诸多问题,极易导致土地流转的失败,同时也会对当地的发展造成诸多负面影响。新型农业经营主体培育困境的出现主要是由于传统小农转型较慢、工商资本具有显著的比较优势,地方政府在培育新型农业主体的过程中天然的倾向于将工商资本直接转化为新型农业主体。但同时由于新型农业主体面临更多的农业经营风险,出现了普遍的经营失败、破产,农户不仅无法实现土地流转收益,甚至还要承担巨大的土地复垦成本以及土地功能不可逆风险。而在这两个困境背后,反映出“三权分置”制度的实践困境存在结构性原因,即农户在作为流转主体时处于弱势地位;工商资本下乡过程进一步压缩小农户生存空间;以及在土地流转实现具有地方差异时,部分中西部农村盲目复制经济发达地区的成功经验造成的“水土不服”。针对“三权分置”制度的实践困境,可能的出路应当从制度设计与制度实践两个层面进行探索。首先,应当从完善制度设计的层面合理界定政府的职能,发挥政府在土地流转中的积极功能;加强对农户土地承包经营权的保障,同时在农业经营过程中同等保护小农户和工商资本经营主体。其次,从“三权分置”制度的执行层面,遵循各地实际情况循序渐进推进土地流转,进而实现农业现代化。