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研究目的类风湿关节炎（Rheumatoid arthritis,RA）是一种致残率较高的慢性全身性自身免疫性疾病。RA的发生是由遗传、环境与免疫系统相互作用的结果,肠道菌群作为重要的环境因子,与RA的发生发展密切相关。目前西医治疗RA以药物治疗为主,长期服药副作用大,且无法治愈。中医药在诊治RA方面具有独特的优势,但RA的中医证候复杂多变,缺乏客观化的研究。因此本研究通过16SrDNA高通量测序技术对RA不同证型患者与健康人的肠道菌群进行比较分析,探讨RA不同中医证型间肠道菌群的差异,为RA中医证候诊断提供客观化依据,也希望为RA的中医诊疗提供新的思路。研究方法本研究纳入RA患者48例,其中湿热痹阻证15例、痰瘀痹阻证15例、肝肾不足证18例,同时纳入健康志愿者12例作为对照组。收集RA患者与对照组的新鲜粪便样本,利用DNA提取试剂盒提取样本中细菌总DNA,通过PCR扩增,Illumina MiSeq上机测序,测序结果进行OTU分类和群落结构分析、Alpha多样性分析、Beta多样性分析、LEfSe分析等生物信息学相关分析,比较RA不同证型患者与健康人之间肠道菌群的差异。研究结果1.本实验入组的RA患者,男女比例为1:5.9,年龄在48-75岁。RA不同证型组患者与对照组在年龄、性别、BMI上无统计学差异（P>0.05）。2.所有样本共获得2,220,185条有效序列,RA患者组和对照组平均有效序列分别为36995条和44448条,有效序列平均长度分布在406.61-425.78bp,经OTU聚类分析共获得3198个OTU。3.Alpha多样性分析显示此次研究测序深度合理,样本量充足,物种丰富度较高。反映物种丰富度的observed指数在RA组显著降低（P<0.05）,反映物种多样性的shannon及simpson指数在RA组略低于对照组,但差异无统计学意义（P>0.05）,RA患者的肠道菌群丰富度发生了一定的变化。4.Beta多样性分析中,PCoA分析提示RA不同证型组肠道菌群的结构个体间差异较大。UPGMA分析提示RA不同证型组与对照组的菌群结构有差异。ANOSIM和Adonis分析提示RA组与对照组组间差异显著大于组内差异,且具有较高的可信度（P=0.001）。5.菌群各分类水平上差异分析,在门的水平,柔膜菌门在痰瘀痹阻证组较对照组丰度显著降低（P<0.05）;梭杆菌门在痰瘀痹阻证组的丰度明显高于肝肾不足证组（P<0.05）。在纲的水平,酸微菌纲在湿热痹阻证组较对照组丰度增加（P<0.05）;柔膜菌纲在痰瘀痹阻证组较对照组丰度显著下降（P<0.05）;梭杆菌纲在痰瘀痹阻证组较肝肾不足证组丰度显著增加（P<0.05）。在目水平上,Cellvibrionales在痰瘀痹阻证组丰度明显低于其他证型组和对照组（P<0.05）;梭杆菌目在痰瘀痹阻证组较肝肾不足证组丰度增加（P<0.05）。在科水平上,嗜甲基菌科在湿热痹阻证组丰度升高,明显高于其他证型组,在痰瘀痹阻证组和肝肾不足证组丰度降低,明显低于对照组（P<0.05）;Microtrichaceae在痰瘀痹阻证组较其他证型组丰度增加（P<0.05）;梭杆菌科在痰瘀痹阻证组丰度明显高于肝肾不足证组（P<0.05）。在属水平上,Cupriavidus、Methylotenera在湿热痹阻证组丰度明显高于其他证型组和对照组（P<0.05）;Pseudarthrobacter在湿热痹阻证组丰度明显低于其他证型组和对照组（P<0.05）;梭杆菌属在痰瘀痹阻证组丰度显著高于肝肾不足证组（P<0.05）。在种水平上,BurkholderialesbacteriumYL45在湿热痹阻证组和痰瘀痹阻证组的丰度明显低于对照组（P<0.05）;Lactococcuslactis、Lactobacillusmucosa 和 Lachnospiraceaebacterium615 在肝肾不足证组丰度均低于对照组（P<0.05）。6.LEfSe分析发现,RA各证型组共有17种丰度有显著差异的标志性物种,湿热痹阻证组显著差异的物种有4种,均分布在变形菌门,其中影响力最大的差异物种是Cupriavidus,痰瘀痹阻证组显著差异的物种有6种,均分布在厚壁菌门,其中影响力最大的差异物种是Anaerosporobacter,肝肾不足证组影响力最大的差异物种是拟杆菌门的prevotella9。研究结论1.RA不同证型组患者与对照组在年龄、性别、BMI上无统计学差异。2.与对照组相比,RA不同证型组患者的肠道菌群丰富度降低,菌群结构发生变化。RA不同证型患者肠道菌群结构个体间差异较大。3.RA不同证型组患者显著差异的标志性物种不同,湿热痹阻证组最有影响力的差异物种是变形菌门的Cupriavidus;痰瘀痹阻证组最有影响力的差异物种是厚壁菌门的Anaerosporobacter;肝肾不足证组最有影响力的差异物种是拟杆菌门的prevotella9。