舟山位于我国东部黄金海岸线与长江黄金水道的交汇处，背靠长三角广阔经济腹地，是我国东部沿海和长江流域走向世界的主要海上门户，该海域岛屿星罗棋布，形成了众多的大小不等、海况各异的海区、水道、航道和避风锚地，良好的地理位置和气候条件，具有丰富的自然资源，形成了独特港湾、海上风景以及得天独厚的自然资源和生态环境，区位优势十分显著[1]。2011年舟山群岛新区成立，成为我国继上海浦东、天津滨海和重庆两江后又一个国家级新区，也是首个以海洋经济发展为主题的国家级新区。新区成立后舟山地区海洋经济迅速发展，每年都有几十亿资金涌向舟山，海洋工程建设项目不约而同的来到舟山，而海洋工程的建设必定增加该海域环境压力，给舟山本来就不乐观的海域生态环境，带来了较大的压力，因此研究如何加强对海洋工程环境管理，确保舟山海洋工程建设项目合理有序发展十分必要。本文针对目前舟山海洋工程环境管理的模式、管理依据、管理制度及管理流程进行分析、研究，并对海洋工程环境管理过程中可能造成环境问题的环节进行调查分析，找出其中存在的问题及不足之处。舟山海洋环境管理部门主要有舟山市海洋与渔业局、舟山市环保局、舟山海事局、军队环保部门等相应政府管理部门，海洋工程环境管理多头模式加大了环境管理难度。环境管理部门之间不同的法律、法规依据也存在一些矛盾和重叠交叉地方，加上各部门本身环境管理制度、细则不完善，环境管理力量薄弱，导致舟山海洋工程环境管理存在海洋工程和海岸工程界定不明确、环境污染项目相互推诿、环境补偿标准不一致、海洋工程环境跟踪监测监理的相关规定及监理资质的认定难等一系列问题。加上目前许多海洋工程项目开发利用方式不合理，很多都是粗放式开发利用方式，造成了近岸海域生态环境破坏，海水动力条件失衡，以及海域环境功能严重受损，对海洋自然岸线、海域功能和海洋生态环境都造成了较大损害。最后文章根据目前舟山海洋工程环境管理方面存在的问题，以及可能造成污染损害的情况，有针对性的提出相应的对策、建议及污染损害防治措施，为减少舟山海洋工程污染损害海洋环境提供参考，为舟山群岛新区海洋经济可持续发展献计献策。