目前中国经济发展进入新常态,正从高速增长转向中高速增长,经济处于发展方式转变、发展动力转换的新形势、新时期,因此对人才培养质量、科研创新提出了更高要求,而高校作为国家创新体系的重要组成部分,始终发挥人才培养、科学研究、社会服务等职能,更是肩负着建设创新型国家的重大使命。由于高等教育的准公共产品性质,在我国高校教育经费大部分依赖财政拨款,且随着高校规模的扩大,财政拨款逐年增加。如何通过有限教育资源的合理配置、如何使高校资源利用效率得到提高,使财政拨款分配好、使用好、管理好,以最少的支出换取最大的实效的现实问题,受到各级主管部门、高校及广大人们的广泛关注,而绩效评价作为有效的方法得到了极大重视。不同于以往研究或将教学与科研当成两个完全独立的系统分别测算教学效率、科研效率,忽略了教学与科研的联系性与不可分割性;或将高校整体当作一个系统,构建传统DEA模型对办学效率进行测算,忽略了系统内部运作过程。本文结合高校教学科研一体化的现实情况,将教学与科研作为两个密不可分的子阶段有机联系在一起,构建了高校办学绩效评价体系,并运用两阶段DEA模型对2014年教育部直属52所高校的办学绩效进行评价,提高了高校办学绩效测算精度。研究结果表明:(1)高校办学效率的高低与投入资源和产出成果的高低并无严格的对应关系,影响高校办学效率的主要因素在于如何合理与有效利用教育资源;(2)教育部直属52所高校中,32.69%办学效率是有效的,67.31%仍处于不同程度办学效率无效状态,表明相当一部分高校仍然存在资源分配不够合理且利用效率不高,投入资源无法实现最大价值等问题;(3)通过从优先考虑教学阶段、优先考虑科研阶段两个方面对办学效率进行分解分别实现教学、科研效率最大化,为教学型为主高校、科研型为主高校提高自身效率提供了相应改善方法;(4)通过对不同类型高校办学效率的比较分析发现:非985高校的办学效率显著高于985高校,985高校无论人力、物力、财力都汇聚了显著的优势资源,产出成果相对投入没有表现出易于观测的优势,而非985高校产出成果相对于其投入规模却表现出相对有效状态。综合类高校与理工类高校办学效率水平差异较小,目前我国综合类、理工类、农林类等不同类型高校表现出均衡良好的发展态势。中部地区高校办学效率水平优于西部略优于东部地区,东中西部样本高校办学效率水平相当。但东中西部高校办学效率是否存在显著差异无法得出结论。