膀胱癌B细胞抗原受体(BCR)H链CDR3多样性分析

来源 :广西师范大学 | 被引量 : 0次 | 上传用户:q137301947
下载到本地 , 更方便阅读
声明 : 本文档内容版权归属内容提供方 , 如果您对本文有版权争议 , 可与客服联系进行内容授权或下架
论文部分内容阅读
研究背景:膀胱癌(Bladder cancer)是一种较常见的恶性肿瘤,发病率呈逐年增长的趋势,治疗效果及预后差,严重危害人类的健康。其确切的发病机制尚未完全清楚,寻找新的生物学靶标用于膀胱癌的监测和干预,成为膀胱癌防治迫切需要解决的问题。目前的研究表明肿瘤微环境与膀胱癌的发生发展和预后密切相关,T细胞在其中发挥着重要作用。但目前的研究大多是基于T细胞亚群的变化和分子分型,研究膀胱癌B淋巴细胞重链的多样性。由于CDR3区是淋巴细胞识别抗原的主要部位,其长度及多样性都会影响它对抗原的识别与亲和力,故其特异性可以认为是基因重组和体细胞高频突变的结果,CDR3序列多变的特征为抗原的选择提供一个多样化的细胞受体库。通过分析CDR3受体库,能为临床更好地监测和分析生理及病理状态下机体的免疫状况及免疫细胞的发生、发展机制提供新思路、新方法和手段,因此本研究中只对膀胱癌B淋巴细胞BCR的重链CDR3进行研究,更深层次的了解与肿瘤抗原结合的B细胞受体(B cell receptor,BCR)的序列信息和多样性变化。而免疫组库是研究B细胞受体重链、轻链,T细胞受体α、β、γ和δ链可变区的免疫系统多样性,可深入挖掘免疫组库与疾病的关系。第二代高通量测序(High-throughput sequencing,HTS)是一种大规模并行的测序技术,与Sanger测序相比能在更低成本的基础上更快地得到高通量数据,一次可对几十万到几百万DNA分子进行序列测定,能够对一个物种的转录组和基因组进行细致全貌的分析。目的:探讨膀胱癌患者的B淋巴细胞免疫图谱的多样性,客观准确地评估膀胱癌的免疫状态,阐明膀胱癌的病因学及发病机制,为疾病诊断、治疗和预后监测提供新的理论依据。方法:收集5例手术切除新鲜冻存的膀胱癌组织(癌组织组)及其癌旁组织(对照组),分别从各组织中提取全基因组DNA。通过设计各V区家族和J区家族引物,扩增出BCR的所有CDR3区,再结合新一代高通量测序技术和平台,分析癌组织组和对照组中B细胞BCR H链CDR3区多样性、长度分布特征及各基因家族的表达频率等;比较CDR3氨基酸序列长度分布的正态性,V区、D区、J区和V-J组合区基因使用频率分布,个体TOP 20 V基因使用情况;从海量数据中筛选癌组织组和对照组中高度克隆性扩增的DNA序列(频率大于0.5%)、氨基酸序列(频率大于0.5%)、V-J组合(频率大于1%),及独有/共有DNA序列、氨基酸序列和V-J组合;此外,根据香农熵分析癌组织组与对照组中的BCR多样性差异和克隆表达差异。揭示膀胱癌组织和癌旁组织中B淋巴细胞的免疫特性,阐明膀胱癌病理生理机制并寻找新的生物标志物、免疫治疗靶点。结果:1.长度分布频率:癌组织组中BCR H链CDR3氨基酸序列的长度分布频率最大的5个为17,16,19,15和11 nt,对照组中最大5个为15,17,16,14和18nt;癌组织组和对照组的高斯分布拟合值分别为0.70和0.96。表明对照组的CDR3氨基酸序列长度分布比癌组织组更趋向于正态分布。2.克隆性扩增程度:与对照组相比,癌组织组B细胞高度克隆性扩增(频率大于0.5%)的DNA序列、氨基酸序列增加,且总体克隆性扩增程度增加。3.BCR多样性:通过计算癌组织组的香农熵系数为0.39和对照组的香农熵系数为0.59,发现癌组织组的免疫组库多样性低于对照组。4.高度克隆性扩增(HEC)序列:统计分析后筛选发现癌组织组的高度扩增性克隆数为41个,高克隆比率为72%;对照组的高度扩增性克隆数为12个,高克隆比率为14%。结果表明无论在高度扩增性克隆数上,还是在高克隆比率上,癌组织组都是显著高于对照组。5.癌组织组和对照组间的IGHV、IGHD和IGH J及V-J组合的表达频率存在明显差异。结论:1.与癌旁组织相比,膀胱癌组织内的B细胞克隆性扩增程度增加,B细胞免疫组库多样性较低。2.免疫组库测序可以从DNA序列、氨基酸序列和V-J组合水平全面了解膀胱癌组织和癌旁组织BCR CDR3的多样性和特征谱,可以客观准确地评估膀胱癌免疫状态,有助于深入认识膀胱癌发病机制,开发免疫治疗的靶点、预后监测的生物标志物。
其他文献
半夏是我国的传统中药材,属于天南星科半夏属,为多年生草本植物。近三十年来,国际和国内市场对半夏的需求不断增长。半夏的人工栽培迎合了市场的需求,但是由于人工栽培时间短
昆虫没有获得性免疫系统,其免疫防御体系主要依赖其高效的先天性免疫,包括细胞免疫和体液免疫。其中由昆虫脂肪体合成、分泌抗菌肽而形成的体液免疫比细胞免疫更快更早地产生防
从土壤当中筛选到一株生长速度较快、对纤维素降解效果较好的霉菌菌株。根据其形态学特征及生理生化特性初步鉴定该菌株为青霉属的常现青霉。在此基础上对该菌株在不同培养条
请下载后查看,本文暂不支持在线获取查看简介。 Please download to view, this article does not support online access to view profile.
期刊
学位
摘要:本文提出了高中英语教学中学生核心素养的培养以及读后续写技能的提升。有不足之处,还望同仁给予批评指正。  关键词:核心素养;读后续写技能;教师;学生  中图分类号:G632.0 文献标识码:A 文章编号:1992-7711(2017)08-0044  一、引言  教育部考试中心刘庆思、陈康老师在《中小学外语教学》(教育部主管、北京师范大学主办)2016年第1期发表文章《关于一年两考高考英语试卷
摘要:德育是一种诗意的追求与心灵的唤醒,语文最显著的特征是诗意。让学生在语文诗意的阅读中,构建心灵的家园;在诗意的写作中,形成正确的观念。在语文教学中,进行诗意的德育,能收到“春风化雨,润物无声”的效果。  关键词:诗意;德育;语文  中图分类号:G633.3 文献标识码:A 文章编号:1992-7711(2017)08-0046  德育是一种诗意的追求与心灵的唤醒,一直被比喻为诗意的家园。海德格
请下载后查看,本文暂不支持在线获取查看简介。 Please download to view, this article does not support online access to view profile.
期刊
黄酮类化合物是广泛存在于植物中的多酚类次级代谢产物,包括黄酮醇、黄酮、黄烷酮、查尔酮等,具有很重要的生物学功能。黄酮醇是黄酮类化合物中较为重要的一种,由黄酮醇合成酶催
摘要:本文针对当前“日积月累”教学中存在的“死记硬背,不求理解;只背书本,不做拓展;背过就行,不重运用”等功利化问题,从“充分考虑学段特征”和“配合单元主题教学”这两大特征分析了教材编者意图,并在“合理安排教学时间”和“丰富教学手段”方面做了尝试。从而指导学生有效地积累成语、名言警句、趣联佳对、古诗词、歇后语等中华民族优秀文化的精髓,提高语文素养。  关键词:日积月累;语文素养;学生  中图分类号