农村贫困问题一直萦绕着我国经济发展的整个过程，如何解决农村贫困问题，进而达到小康水平一直是我国政府工作的职责和任务。经过20多年的努力，由政府主导的、社会动员参与的、自上而下的扶贫机制，大幅度地减缓了我国农村的贫困程度，是我国扶贫取得巨大成就的重要经验。然而，随着我国市场经济体制的逐步建立和完善，我国“小政府，大社会”改革目标的确立以及贫困形势的改变，以政府为主的扶贫机制已经不能适应形势的发展与扶贫工作的需要。因此，要完成我国《中国农村扶贫开发纲要(2001-2010年)》提出的奋斗目标，就需要引入新的机制，开拓新的思路。非政府组织作为一种新的组织形式和社会力量，在扶贫中日益突显出其自下而上扶贫的优势，在相当大的程度上弥补了政府和市场的不足，成为当前可供选择的新机制。 本文以此为背景，从对非政府组织概念及政府与非政府组织关系理论的介绍引入，继而分别介绍了我国政府和非政府组织各自的扶贫阶段，分析和评价了各自的扶贫机制、行为以及作用，并结合新时期我国贫困的特点，比较了二者扶贫的优势和不足，指出了政府与非政府组织合作的必要性，进而从国外经验、国内环境和合作的案例三个方面，提出了二者合作的可行性，最后从宏观和微观的角度，探讨了政府和非政府组织合作的扶贫机制，并进一步从完善制度建设、转变政府职能、提升我国非政府组织能力以及健全监督评估机制这几个方面完善对政府与非政府组织农村合作机制的思考。