MicroRNA (miRNA)是非编码小RNA家族的重要成员,长为22nt左右,它能负调控靶基因的表达。许多证据都证明了miRNA在肌肉的增殖,分化和发育的过程中都起着十分重要的作用。心肌和骨骼肌(如：背最长肌和腰大肌)同属横纹肌,但是它们在生物个体内所行使的功能差异却很大。猪在畜牧生产和医学研究领域都有非常重要的价值,且心肌与骨骼肌在miRNA表达谱上的研究报道都比较少。本研究利用Illumina高通量测序技术平台构建了3只210日龄雌性长白猪的心肌,背最长肌和腰大肌三个组织的小RNA文库,得到的结果如下：1)心肌,背最长肌和腰大肌三个文库共检测得到56 M的原始数据,其中高质量读段(high-quality reads)在心肌,背最长肌和腰大肌分别为20.31 M,15.87 M和17,93 M,这些测序读段分别占了原始数据的94.12%,95.48%和97.14%；2)三个文库共检测得到907个非冗余的miRNA (unique miRNAs),其中有441个为三个库共同表达,利用IDEG6进行差异显著性检验,发现123个miRNA为三个文库差异表达的miRNA (P<10-6);3)利用聚类分析和相关性分析三个文库差异表达,miRNA的表达模式,结果发现：背最长肌和腰大肌的表达模式更为接近,而心肌的表达模式与两种骨骼肌的表达模式明显不同；4)心肌miRNA文库表达量前十的miRNA在背最长肌和腰大肌文库里也同时高表达。这10个高表达的miRNA中有8个miRNA为差异表达的miRNA (miR-143,-378,-1,-133a,-27b,-30e,-101和let-7a),而其中的6个miRNA (miR-143,-378,-27b,-30e,-101和let-7a)的表达量都表现为心肌同时高于背最长肌和腰大肌(约1.5倍)；5)对心肌上调的6个miRNA进行靶基因预测和生物学功能预测(GO和KEGG)发现这些高表达的miRNA靶基因主要富集于胰岛素信号通路(n=21,P<0.01)和钙信号通路(n=25,P<0.01)；6)基于前人报道的研究结果,本试验构建了在4个不同的发育时期(0天,30天,210天和7年)心肌的miRNA-mRNA调控网络,结果证实了mRNA和miRNA存在的负相关关系,以及心肌和骨骼肌可能存在的差异。以上结果试图通过miRNA层面来揭示心肌和骨骼肌迥异的生物学特性,并为今后肌肉以及肌肉疾病相关的研究提供有价值的基础数据。