质量在科研院所进行科学研究过程中，不仅关乎到目前所做的各项研究，而且对于未来如何发展都起到一定的作用。中科院通过质量管理体系对单位进行更加科学高效的管理，进一步提高产品的质量，客观体现出单位的综合科研能力，在当前市场竞争如此激烈的大环境下更好的完成各项工作指标。本论文以沈阳自动化所质量管理体系运行情况为例，采用个案分析法，根据中科院研究所研发工作的特点，首先论述了沈阳自动化所运行长达10多年的质量管理体系存在的三个主要问题。其一是一线科研人员质量意识参差不齐；其二是质量管理体系在执行过程中缺少分解；其三是缺少部门内部监督检查机制。并就这三个问题对质量管理体系正常运行带来的影响和危害进行了剖析。其次分析了质量培训工作不到位，质量目标分解不细，监督检查制度不完善等是造成存在这些问题的主要原因。最后提出了三个主要解决对策。其一是增强各级人员质量意识，加强质量教育和培训工作；其二是制订分类分级管理制度，做好质量策划工作；其三是建立健全部门内部督促检查机制,做好持续改进工作。因此，本文得出结论认为只有在主要领导的高度重视下，在工作中不断探索、改进、完善和创新，逐步形成适合中科院研究所发展的质量管理体系和管理模式，才能不断提高中科院研究所的质量管理水平，从而促进中科院研究所总体发展和研发能力的全面提升。