随着社会经济发展的推动与政府改革的深入,政府部门间关系的问题逐渐开始成为关注的焦点。在政府职能转变的背景下,如何建构政府部门间协调机制成为行政体制改革深度推进的重要维度。但是,长期以来,关于政府部门间关系问题的理论研究还难以有效支撑政府部门间协调机制的建构,整体理论层次还有进一步提升的空间。在当前中国,从“碎片化”向“跨部门协作”的转化是政府部门间运行机制变迁的基本方向,也是政府部门间协调机制建构的总方向,但这个变迁过程并非自然推进的。政府部门间的运行机制主要取决于两个层次的逻辑导向：一是政府职能定位的基本导向；二是政治生态系统的总体平衡。只有这两个层次的逻辑导向协调起作用,政府部门间关系才能突破“碎片化”,实现“跨部门协作”,并实现政府部门间协调机制的建构。这一假设,可以通过归纳中国政府部门间关系调整的历史,以及比较美、英、日三个西方典型国家政府部门协调机制的现状进行验证。同时,通过总结中国政府部门间协调机制建构中的特点与教训,可以在此基础上提出从宏观思路、中观战略与微观措施三个层面推进“跨部门协作”的对策体系。首先,理论建构与分析。政府部门间运行机制受“政府职能定位”与“政治生态平衡”两个层次逻辑导向的作用：作为核心型逻辑导向的政府职能定位,以及作为支持型逻辑导向的政治生态平衡。两者在逻辑层面决定了政府部门间关系调整的总体方向、基本方式与实际效果。一方面,政府职能定位体现了政府改革的核心诉求,在从“碎片化”向“跨部门协作”的转化过程中起主导作用。正是在政府职能定位的拉动下,政府部门间关系的调整才能明确在“质”上的基本方向。具体而言,政府职能定位的核心型逻辑导向主要表现在三个层次上,在宏观上构成政府机构改革的逻辑起点；在中观上形成了调整政府部门间关系的基本动力；在微观上是政府部门政策的核心环节。与此同时,政府职能定位还从文化取向与体制结构上保障了这三个层次上的核心逻辑导向作用。另一方面,政治生态的自我平衡机制会对政府职能定位的作用做出反应,既有可能阻碍政府职能定位所拉动的政府改革,也有可能推动改革的顺利进行,可以说,政治生态平衡从“量”的角度影响了政府部门间关系调整的速度、程度、效率。作为支持型逻辑导向,政治生态平衡则主要作为政府部门间协调的制衡力量、政府部门间运行机制的“现实场域”与政府内沟通网络的“核心架构”发挥作用。其次,经验检验与结论。通过分析中国政府部门间关系调整的三个历史阶段,可以发现,政府职能定位与政治生态平衡的互动一直贯穿于政府部门间关系调整的进程,为“两层次逻辑导向”的分析框架提供了经验证据。与此同时,通过对从“碎片化”到“跨部门协作”机制转化中的经验与教训进行总结,认为“重体制改革,轻机制调整”是阻碍“跨部门协作”机制建构的关键原因,而要从机制调整的角度推进“跨部门协作”的形成则需要结合“两层次逻辑导向”进行分析。在总结国内经验的基础上,以美英日三个西方典型国家作为参照,讨论了西方典型国家建构政府部门间协调机制的不同方式与特点。在这一过程中发现,对于推进政府部门间协调机制而言,体制改革与机制调整都是不可缺少的重要环节。只有在政府职能定位与政治生态平衡协调发展的条件下,政府部门间协调机制的推进才能得以有效实现。这不仅既可以视为“两层次逻辑导向”的直接证据,也可以作为中国“跨部门协作”机制建构的借鉴。再次,建议与对策。通过分析中国改革历程与比较西方典型国家案例,得出结论：从“碎片化”到“跨部门协作”的机制转型应紧紧抓住政府职能定位与政治生态平衡两个层次的逻辑导向,从机制调整入手推进“跨部门协作”的建构。针对这一问题,可以考虑从宏观思路、中观战略与微观措施三个层面提出对策探索。在宏观思路上明确“分层次推进”的方针,即对“跨部门协作”要进行“阶段性分层”、“逻辑性分层”、“空间性分层”,有步骤地推进“跨部门协作”；在中观战略上推进“三个转变”：“从‘体制改革’到‘体制改革—机制调整’并重转变”,“从‘失范结构’向‘规范结构’转变”,“从‘单边行动’向‘互动改革’转变”；在微观措施上推进“五个措施”：建立资源的部际共享机制、社会监督机制、公务员轮岗机制,推进“政府流程再造”与政治生态的“维稳机制”。