科技企业孵化器和创业投资是推动经济发展的两种有效工具，二者在促进科技企业发展、培养优质企业家、促进科技成果产业化等方面发挥了重要的作用。21世纪的第一个10年已经过去，我国科技企业孵化器的运营模式正朝着投资主体多元化、孵化服务专业化、经营管理企业化的方向转变，但仍然存在资源配置效率较低、孵化资金不足以及难以提供高效、专业的增值服务等问题，适时引进创业投资并建立良性协作机制成为解决这一问题的重要路径。本文针对科技企业孵化器与创业投资协作的机理、模式与政策进行了探索性的研究。　　 本文的主要结论如下：(1)对科技企业孵化器和创业投资的异同点进行了系统分析，提炼其一致性、兼容性和异质性，认为二者具备协作的现实基础和空间；(2)从组织间的相互依赖关系程度出发，将组织协作的表现形式分为以下三种：松散型协作、紧密型协作和一体化协作。对应科技企业孵化器与创业投资的相互协作而言，分别表现为外部合作模式、股本合作模式和孵化器自营创投模式(Vcubator模式)，三种模式各自有其优劣势；(3)科技企业孵化器与创业投资通过协作产生的正效应包括孵化职能扩大化、资源网络共享化、交易成本最小化、运作机制规范化、社会资本放大化、投资风险分散化；但同时也有可能带来负效应和潜在的冲突，归结为二者价值观的冲突、提供高品质服务与实现高效益投资的冲突、对在孵企业“待遇歧视”带来的冲突、机会主义行为带来的冲突等；(4)以武汉东湖新技术创业中心和深圳清华大学研究院为例进行了案例研究，在此基础上结合创新工场、美国idealab!等创投型孵化器的经验，从资金募集、管理团队、合伙方式、投资策略、投资决策、运营管理、外部合作、退出方式几个层面设计了科技企业孵化器与创业投资相互协作的运作机制，为实际运作提供参考。(5)通过对当前科技企业孵化器与创业投资协作的外部环境因素的分析，从完善资本中介机构、培养复合型科技人才、完善多层次资本市场、跟进相关立法、完善孵化器风险管理机制、完善孵化管理人员激励机制、进一步扶持新型企业孵化器等方面提出相应的对策建议。　　 本文试图为科技企业孵化器和创业投资的研究注入新的研究视角，文章结合交易成本理论、策略联盟理论的相关观点，第一次对组织协作的一般性理论框架进行了尝试性研究，包括其相关概念的界定、组织协作的动机、表现形式、协作效应等。文章结合中国高新区的创新实践，分析相关实例，设计了科技企业孵化器和创业投资相互协作的机制框架，期望为二者的协作提供相对系统的理论和实践依据，减少信息不对称所产生的投资和孵化风险，使资本、技术、管理、政策几个方面顺利结合，共同推动我国科技型中小企业的快速成长。