本论文由导论、主文与结语三部分组成,其中主文部分共分为四章,每章除正文内容以外,还有引言和各章小结。全文共计19余万字。导论部分交代了实质真实的概念、内容、分类,国内外研究综述与文献资料介绍以及本文的写作目的。本文从德国现行刑事诉讼法第244条第2款出发,借鉴德国法学界的理论见解,并在与形式真实的对比研究中初步得出：实质真实,即指为了发现案件的事实真相,司法官(尤其是法官)自行对犯罪事实加以调查,不受诉讼参与人之声请或陈述之拘束。为了更好地理解这一概念,本文从目的层面和方式层面剖析了实质真实的具体内容,并按照本体论和方法论以及不同历史时期和不同诉讼阶段对实质真实进行了划分。同时,本文分别对德国、日本、中国关于实质真实的研究历程及现状进行了梳理,并在此基础上提出了本文的研究目的。第一章考察了实质真实的历史发展。实质真实大致经历了三个历史阶段：第一阶段是实质真实的产生时期,它以纠问制刑事审判模式的开始为标志；第二阶段是实质真实的演变时期,它开始于启蒙时期以及第一次欧洲人权运动及近代法国大革命之后；第三阶段是实质真实的进一步发展时期,从二战后的第二次人权运动以及英美法系正当程序理念影响欧洲开始直到现在。三个阶段中的实质真实前后承接且各具特点,整个历史脉络也完整地揭示了实质真实的发展规律。第二章分析了实质真实的哲学根基与价值取向。本文认为,之所以实质真实会历经产生、演变再到进一步发展的过程,根本原因在于支撑实质真实的基础并非一层不变。在不同的时期由于哲学背景、文化氛围和法治思路的改变,实质真实都会迎来新的挑战,而正是对这些挑战的理性审思,使得实质真实的支撑基础不断推陈出新,并一直保持着鲜活旺盛的生命力和与时俱进的时代性。本文从哲学根基和价值取向两个方面逐一论证了实质真实的支撑基础。在哲学根基中,本文分析了单、双向认知理论对实质真实的根基性意义；在价值层面上,本文分析了法治国理念对实质真实的重要影响。与此同时,本文还分别阐述了实质真实的哲学根基与价值取向在六种真实观和形式真实主义所形成的理论冲击中的应对和发展。第三章挖掘了实质真实的发现机制。有助于发现实质真实的法律机制有很多,如从程序构造的角度来看,包括侦查、起诉、一审与救济审(二审与再审)等法律环节；而从证据与证明的角度来看,则包括取证、举证、质证与认证等法律设置。可见,基于分析视角的不同,实质真实的发现机制呈现多元化的局面,但是总结其中最根本、最为重要的部分则非四大机制莫属。本文分别阐述了官方调查中的真实义务、上诉审中的事实复审制度、证据法上的真实优先原则与被告人的真实协助权利的意涵,并进一步论证了这四种机制对发现实质真实的重要功能。第四章探讨了中国语境中的实质真实。本文认为,在实质真实与形式真实两种选择之间,中国自进入封建社会以来的刑事诉讼法一直坚持着实质真实的悠久传统,至今也仍然延续着实质真实的主要论调。随着20世纪90年代中国刑事诉讼法的修改,以及学者对国外诉讼理论特别是各种真实理论的介绍与引入,关于“真实观”与“真实主义”的选择问题一度成为国内学术界理论研究与争锋的焦点,甚至当前仍在继续。正是在这样的背景之下,本章在考察中国式实质真实的历史发展与发现机制的基础上,介绍、评析了关于中国式实质真实的各种理论纷争,并最终提出了在正当程序理念下进一步发展实质真实的设想。与此同时,面临当前之重要问题,本文提出了四个层面的立法思路,即在树立基本框架的前提下,重申官方的真实义务、强调被告人的真实协助权利以及建构相关之配套制度。结语部分在总结全文各章节的主要内容和中心思想的基础上,再次提出实质真实不是绝对的真实主义的观点,所以在一定层面上作为实质真实理念的例外或者说作为实质真实理念的重要补充而创设的特定法律制度都是可以接受也是并不违背实质真实理念之主导地位的。对此,结语部分围绕大陆法系国家的检察裁量制度及其对我国的启示揭示了实质真实的例外情形,并以此作为实质真实的重要补充和全文的附言。