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转移是恶性肿瘤最本质的特征,是影响患者预后和生存的主要因素。肿瘤的转移是一个复杂的过程,包括肿瘤细胞脱离原发瘤进入血管和淋巴管,通过黏附于内皮细胞而在适宜部位驻留形成转移灶等过程,每一阶段都受多种基因的调控。因此,肿瘤的转移又是一个多基因参与的过程。肿瘤转移相关基因的研究可以阐明肿瘤转移的分子机制,对指导临床有效地预防和治疗肿瘤转移提供有力的依据,并为肿瘤转移的基因治疗提供新的作用靶点,具有重要的临床意义。
目前对肿瘤转移相关基因的研究多采用RT-PCR、免疫组化等方法,一次只能检测一个或几个基因的表达变化,不能全面反映各基因间的关系。基因芯片技术是近年来在生命科学领域中迅速发展起来的一项新技术。它具有高通量、微型化、自动化的特点,可以同时检测同一组织或不同组织中成千上万个基因的表达状况,定量检测基因表达水平,识别基因及其变化,在剖析复杂疾病及新的疾病相关基因方面具有极大的优越性。本研究通过查找基因克隆的信息,选择了目前已知的与肿瘤转移有关的人类基因克隆,设计制备了一种肿瘤转移基因cDNA芯片,应用它对食管鳞癌组织标本进行检测,探讨食管鳞癌转移相关基因表达变化及其与预后之间的关系。
目的:
应用cDNA芯片筛查食管鳞癌转移相关基因表达谱,探讨食管鳞癌转移分子机制,对部分转移相关基因的表达与患者预后进行分析,为进一步发现肿瘤预后标记物和建立基因预后表达谱提供参考。
方法:
1.摇菌、提取质粒、PCR扩增,获得肿瘤转移基因PCR产物,经纯化后点至玻片上,制备成肿瘤转移基因cDNA芯片。
2.提取食管鳞癌组织与正常食管组织RNA,经反转录标记为cDNA探针,与cDNA芯片杂交,经扫描获取图象,应用Quantarray3.0软件分析,得到基因表达的数据资料。应用半定量RT-PCR方法对cDNA芯片检测的某些基因表达进行验证。并应用聚类分析对基因表达谱进行分析。
3.对基因表达谱筛选出的表达差异的基因MMP9、MTA1、CD44、VCAM1、E-Cadherin、nm23-H6与患者预后情况(有无复发或转移及生存)进行COX回归分析和生存分析,探讨转移相关基因与预后的关系。
结果:
1.经实验证实,制备的肿瘤转移基因cDNA芯片,扫描图象信号清晰,背景信噪低,重复性好,结果理想。
2.在食管鳞癌标本中,共有180个转移相关基因有差异表达。其中3例以上标本中出现共同上调基因36个,共同下调基因22个,另有6个基因在有些病例中出现表达上调而在其他病例中出现表达下调。应用半定量RT-PCR方法检测MMP9和E-Cadherin基因的表达与应用芯片检测结果基本一致,证实了芯片结果的可靠性。但应用聚类分析未能较好对病例分类。
3.生存分析显示nm23-H6基因表达下调和MMP9基因表达上调与预后不良相关,其它基因与预后未见明显相关。COX多因素分析显示nm23-H6是影响预后的独立因素。
结论:
1.该研究制备的肿瘤转移基因cDNA芯片,具有针对性强,实用性好,成本低等特点,具有一定推广应用价值。
2.应用该cDNA芯片分析食管鳞癌转移相关基因表达谱并对转移相关基因与预后关系进行分析,筛选出与食管鳞癌预后相关的基因,为进一步建立食管鳞癌基因预后表达谱提供了重要参考。