随着人民生活水平的提高和农业结构的调整,农业发展的焦点已经从生产环节转向了流通环节。发展农产品物流是建设社会主义新农村的重要推动力,是我国由农业大国走向农业强国的必经之路,对于促进农民持续增收和保障消费安全具有十分重要的意义。但是在农产品物流运行过程中,无论是理论层面还是实践层面都无法回避农产品供应链极强的内生不稳定性和弱质性这一现实。因此,针对我国农产品物流的发展状况和趋势,解析农产品供应链内生不稳定性的根源并建立基于供应链协同运作的运行机制就成为我国农产品物流发展的首要任务。在这种背景下,本文依托国家自然科学基金项目“基于供应链战略协同的农产品物流运行机制与管理模式研究”(项目编号：70873006),借鉴发达国家农产品物流运行的先进经验,对农产品物流运行机制进行研究,具有重要的理论意义和实践意义。本文研究了我国农产品物流的发展现状、存在的问题及发展趋势,借鉴众多学者的研究成果,构建了农产品供应链的战略协同体系。在此基础上,研究了农产品物流运行的组织机制、合作机制、利益机制和支撑机制。本文采取了归纳与演绎、逻辑模型和数学模型、比较分析等方法进行研究,得出以下主要研究结论：(1)本文基于供应链理论和交易费用理论,通过对农产品物流市场主体战略类型的分析认为供应链是介于市场和纵向一体化之间的“中间组织”,由具有不同核心竞争力的企业组织构成,当他们为实现共同的目标而努力的时候,供应链则成为最为有效率的组织形式。(2)通过对农产品供应链战略协同体系的构建,本文认为农产品供应链的战略协同可形成各节点共同认同并为之努力的共同目标,明确供应链的发展方向和各节点的定位；优化调整供应链组织结构,合理配置各节点的优势资源,充分整合并打造供应链的核心能力,合理协调利益分配,塑造各节点广泛认同的供应链文化,从而达到农产品供应链目标统一明确、组织完善有效、资源优化配置、能力融合提升、利益合理驱动、文化和谐推动的效果,实现农产品供应链的功能倍增和物流的顺畅、高效运行。(3)通过对农产品物流运行机制的分析,本文认为农产品物流运行机制主要包括组织机制、合作机制、利益机制和支撑机制四大方面,其中组织机制、合作机制和利益机制是物流运行机制的核心,三大机制可相互推动从而促进节点之间的战略协同。(4)通过对农产品物流组织现状的分析,本文认为农户分散经营不适合农产品“大流通”的要求,阻碍了农产品物流的运行和发展。农民专业合作社是消除农产品物流组织障碍的有效途径。通过以蒜苔为例构建农产品供应链单独决策与共同决策对比模型,得出在其他条件一定的情况下,联合决策的总收益都大于或等于单独决策下的总收益的结论,因此在农产品物流过程中应通过战略协同推动供应链节点之间的联合决策。(5)通过构建供应链节点博弈模型,得出在重复交易中,只要双方都关心彼此的长期利益,就会采取帕累托最优的策略,这样就使得各主体的合作行为取代了不合作行为。即在农产品物流过程中,相对于非合作行为而言,合作行为在理论上可以使企业通过合作获得比自己独立经营更大的收益,合作仍然是他们的最佳选择。(6)基于对农产品供应链节点间信任影响因素的分析提出了提高节点间信任程度的途径,节点间的信任能够提高农产品物流的效率。通过分析农产品物流信息共享的重要性和独特性,提出基于战略协同的农产品供应链可采取信息集中模式、电子集市模式和综合模式等方式来进行信息共享。(7)价值创造机制是农产品物流运营过程中供应链收益的来源,合理的分配机制是供应链各节点协同运作的保证,科学的激励机制是农产品供应链协同运作的支撑。本文提出了发展农产品敏捷物流、供应链多方投入、农产品物流增值服务等价值创造形式,提出了基于Shapley值的利润分配改进方法。在本论文的研究过程中,还取得了如下几点创新：一是构建了包括战略协同目标、阶段、内容、特征的农产品供应链战略协同体系,并提出了以组织建立、合作形成、利益协同为起点的战略协同模式；二是在四种典型组织界面的基础上提出了农产品供应链物流战略委员会、农产品供应链物流运作管理中心、农产品供应链周期性例会制等供应链组织沟通机制；三是针对农产品供应链多节点、易损耗等特点,引入农产品损耗因素对供应链主体博弈模型进行了适应性改进；四是针对农产品的鲜活特征,结合农产品物流理论与消费理论,将“新鲜度”引入农产品敏捷物流模式,并创新性地提出了农产品供应链各节点的多方投入机制和农产品物流的增值服务模式。