肾集合管癌患者的临床诊疗特征和全外显子测序研究

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目的 目前对肾集合管癌(CDC)症状体征、病理、治疗方案和预后特征仍有较大争议。CDC中国患者基因组学图谱缺乏。本研究旨在总结探讨CDC临床诊疗特征;初步构建CDC中国患者单核苷酸变异(SNV)、拷贝数变异(CNV)和胚系突变的基因组学图谱。方法 回顾分析广东省第二人民医院和上海市长海医院确诊CDC,且满足纳入和排除标准的19例患者的临床病理特征、术式、并发症、辅助治疗和预后。进一步,对满足纳入和排除标准的10例患者标本,进行全外显子测序(WES)。质控、比对后,MuTect2检测SNV和小片段插入或缺失(Indel)。ANNOVAR注释并筛选突变基因,进行Sanger测序验证。Control-FREEC检测CNV,并使用GISTIC2进行统计。用Varscan2检测胚系突变,Intervar注释变异临床致病性。比较CDC与TCGA中透明细胞肾细胞癌(KIRC)、乳头状肾细胞癌(KIRP)和膀胱尿路上皮癌(BLCA)基因组学特征。利用实时荧光定量PCR、蛋白质印迹和免疫荧光实验检测CDKN2A的表达。结果 男15例,女4例,平均(58.9±8.7)岁。以肉眼血尿和腰部疼痛为首发症状。CT平扫显示类圆形不均匀肿块,增强后呈“慢进慢出”。MRI显示T2WI序列低信号。肿瘤左侧7例,右侧12例,最大直径(6.6±2.9)cm。12例出现淋巴结转移,4例远处转移。17例接受手术,2例行穿刺活检。镜下呈不规则腺管或乳头状排列,间质内纤维组织增生,伴炎症细胞浸润。IHC显示HCK、PAX8、VIM、p63、GATA3、INI-1、OCT3/4 和 FH 的阳性分别是:100.0%(19/19),83.3%(10/12),76.5%(13/17),28.6%(2/7),16.7%(1/6),66.7%(2/3),100.0%(2/2)和 100.0%(2/2)。术后 3 例患者先后予以 GC 化疗/紫杉醇联合PD-1治疗,5例接受靶向性药物治疗而出现疾病进展。随访时间为(23.5±16.0)月,1、3和5年的总体生存率为89.2%,49.0%和24.5%。平均肿瘤突变负荷为1.37Mut/Mb。鉴定出6个新的和Sanger测序验证的高频突变基因,包括RBM14、MTUS1、GAK、DST、RNF213和XIRP2。与正常肾组织相比,RBM14和XIRP2在癌组织中高表达,而SETD2、MTUS1、CDKN2A和TP53在癌组织中低表达(p<0.05)。GISTIC2.0鉴定了 29个扩增和6个缺失的高频局灶性CNV区域。CDKN2A和CDKN2A-AS1是4项研究中的共同突变基因。CDC中国患者的CDKN2A突变是一个新的突变位点,CDKN2A介导的CDK4信号通路可能是影响CDC中国患者进展的重要信号通路。共检测出6个新的CDC致病性胚系突变。结论 CDC患者容易出现淋巴结和远处转移,进展快,预后差。病理检查仍是确诊“金标准”。治疗主要是手术加术后辅助药物,但疗效欠佳。本研究初步完善CDC中国患者的基因组图谱。CDKN2A介导的CDK4信号通路可能为CDC中国患者提供新的治疗靶点,尤其是发生CDKN2A缺失的患者。
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