基因CENPF是一个潜在的肿瘤预后和免疫治疗的生物标志物:一项泛癌的综合分析

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目的:利用生物信息学探索CENPF在33种人类癌症中的生物学功能和相关机制,为肿瘤治疗提供新思路,寻找新的免疫治疗靶点。方法:利用人类蛋白质图谱(HPA)、基因型组织表达(GTEx)、基因型组织表达(TCGA)数据库从m RNA水平、蛋白水平分析CENPF在33种癌症的肿瘤组织及癌旁或正常组织的表达情况;采用免疫组织化学法检测南华大学附属第二医院18例结肠腺癌患者的结肠腺癌组织、癌旁组织中CENPF蛋白的表达水平。R软件、Kaplan-Meier(KM)方法、对数秩检验、单基因COX方法分析不同类型肿瘤中CENPF表达水平与癌症患者总生存(OS)、疾病特异性生存(DSS)、无病生存(DFI)和无进展生存(PFI)等生存指标以及病理分期、年龄、性别等临床资料的相关性。斯皮尔曼(Spearman)秩检验分析泛癌中CENPF表达与肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)、肿瘤微环境(基质评分与免疫评分)以及22种免疫细胞浸润水平的相关性;皮尔森(Pearson)方法检验33种肿瘤中CENPF表达与47种常见免疫检查点基因表达的相关性。通过基因集富集分析网站(GSEA)对CENPF进行GO功能注释和KEGG通路富集分析,探索CENPF在肿瘤中的潜在调控机制。结果:1、除胸腺及骨髓组织外,CENPF在其他人类正常组织中普遍低表达;CENPF在大部分人类肿瘤组织中显著高表达;CENPF蛋白在结肠腺癌组织中的表达明显高于癌旁组织(x~2=7.481,P=0.015)。2、在多种肿瘤中CENPF高表达与较短的总生存时间、疾病特异性生存期、无病生存期、无进展生存期相关;CENPF高表达与肿瘤不利的病理分期相关;CENPF表达与肿瘤患者的年龄有关,与肿瘤患者性别无关。3、CENPF表达水平与多种癌症的肿瘤突变负荷(TMB)、微卫星不稳定性(MSI)有关。4、CENPF的表达水平与大部分肿瘤的基质评分、免疫评分呈负相关,与肿瘤微环境的免疫抑制有关;CENPF参与调节肿瘤免疫,与多种免疫细胞特别是肿瘤浸润性巨噬细胞明显相关,发挥免疫抑制作用,但在不同肿瘤类型中与不同的免疫细胞浸润中的关系不同。5、在部分肿瘤特别是甲状腺癌(THCA)中,CENPF的表达水平与多数免疫检查点基因表达显著正相关。6、基因富集分析显示,除了细胞周期途径,CENPF还调控包括机体免疫应答在内的多种途径参与肿瘤代谢及免疫过程。结论:1、CENPF在肿瘤中作为普遍的原癌基因促进肿瘤发生及发展过程,是预测肿瘤患者预后的生物标志物;2、CENPF可能是预测肿瘤患者对免疫疗法疗效的新型指标。3、CENPF参与肿瘤免疫过程,其潜在的免疫抑制作用有助于开发新的免疫治疗靶点。
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