本研究以额尔齐斯河贝加尔雅罗鱼(Leuciscus leuciscus baicalensis)为实验对象,联合二代测序技术和荧光毛细管电泳技术,开发微卫星位点30个,其中19个来自基因组,11个来自转录组;利用这30个位点对哈巴河、布尔津及北湾三个群体进行遗传多样性分析,并探究这些位点在其他9种鲤科鱼类中的通用性。主要结果如下:1.共合成160对引物,64对来自基因组,96对来自转录组;在扩增(以北湾群体样品为模板)过程中出现不同程度的扩增失败:3对基因组微卫星引物和25对转录组微卫星引物未扩增出任何条带或者未得到目的条带。2.用30个微卫星标记评估北湾、布尔津和哈巴河三个群体的遗传多样性,共检测出等位基因339个,各位点等位基因数范围在4-27之间,平均11.3个;有效等位基因数一共154.28个,介于1.56-15.34之间,平均5.14个;观测杂合度在0.37-1.00之间,平均值是0.68;期望杂合度在0.36-0.94,平均值是0.75;多态性信息含量在0.31-0.93之间,平均值是0.71。3.遗传分化指数和遗传距离显示,三个群体没有发生显著分化;分子方差分析结果显示,大部分变异来自个体间,极少数变异来自种群间。4.位点多态性比例:基因组31.1%,转录组15.5%;用于遗传多样性评估的指数,基因组微卫星位点的指数均大于转录组SSR微卫星的指数。5.30个位点在拟鲤中的通用率最高,为80%,其次是高体雅罗鱼,为76.7%;转录组微卫星位点的跨物种通用率普遍远远高于基因组微卫星位点。