‘无子瓯柑’是普通瓯柑的芽变,果实无核,且具有普通瓯柑(Citrus suavissima Hort.ex Tanaka)的所有优良性状,果实极耐贮藏。无核水果在国内和国际市场上占据重要地位,研究果实的无核机理,为柑橘属无子品种的开发具有重要理论指导意义。本研究对‘无子瓯柑’及其野生型瓯柑叶片进行全基因组重测序分析,获得In Del及SV多态性,开发了基于PCR方法的分子标记。将这些标记运用到减数分裂异常相关基因的定位,取得的主要研究成果如下:(1)经全基因组重测序分析,有子瓯柑和‘无子瓯柑’与参考基因组之间共获得约2,729,553个SNP,276,205个InDel,平均每个个体获得18,896个SV变异。在有子瓯柑和‘无子瓯柑’所有的Contig中分别得到2,615,477个和2,573,968个SNP位点,其中转换类型的SNP位点1,705,820个和1,680,199个,占总数的65.22%和65.28%。颠换类型的SNP位点909,657个和893,769个,占总数的34.78%和34.72%。(2)基于全基因组重测序数据,我们分析了In Del的分布情况,对InDel变异进行了筛选,采用PCR扩增、聚丙烯酰胺凝胶电泳等方法验证了有子瓯柑与‘无子瓯柑’In Del,共发现99个In Del位点,设计了84对PCR引物。通过In Del的注释,我们发现了5个与减数分裂相关的基因:MYB063,NAC DOMAIN,SMC,XRI1,AGO5。(3)全基因组重测序数据分析,有子瓯柑与‘无子瓯柑’中分别检测到19,283个和18,509个SV,其中插入变异分别为1,587个和1,853个,占8.23%和10.01%;缺失分别有11,705个和10,861个占60.7%和58.68%;反转分别有328个和346个,占1.7%和1.87%;染色体内异位分别有1,307个和1,275个,占6.78%和6.89%;染色体间异位分别有4,356个和4,174个,占22.59%和22.55%。筛选500-800bp的插入或缺失型结构变异序列,利用SV变异位点上游300bp和下游300bp区域的序列设计20bp的正向和反向引物,分别在9条染色体上设计引物,发现共有14对SV引物能够有效地区分有子瓯柑与‘无子瓯柑’。