我国《国民经济和社会发展第十一个五年规划纲要》提出了“区域协调发展”和“健全区域协调互动机制”的重大工作目标,并且即将出台按照“优化开发、重点开发、限制开发和禁止开发”各个不同目标的主体功能区划。促进和实现这四类主体功能区之间的协调发展是实施主体功能区规划的根本目标。我们可以看出,在主体功能区划中,“限制和禁止”都意味着这些地区发展权利的损失,它们在大区域或全国的整体格局中的功能定位是更好地发挥其生态服务的功能,那么,如何弥补这些地区发展权利的损失,从而促进区域协调发展,成为当前需亟待解决的问题。生态经济援助是主体功能区划背景下对限制和禁止区的一种有益的生态补偿方式,本文通过实地调查、典型案例考察、资料分析与整理等方法,首先从主体功能区中实施生态经济援助的背景研究出发,找出实施生态经济援助的理论依据,重点提出并论证生态经济开发是限制开发区、禁止开发区的必然选择;探讨典型类型区域在充分、合理开发生态经济潜力条件下,生态经济开发方向如水资源合理利用、生态旅游开发与规划、发展林下经济与生态农业等;讨论限制开发区和禁止开发区的生态经济发展模式——循环经济、易地开发、绿色经济等,为生态经济援助提供范式;提出在利益受损区实施生态补偿的方式,如产业政策的鼓励、项目补偿、技术支持和地区特产品专卖权等,并找出生态补偿中可能存在问题与解决方案;讨论生态经济援助过程中的区域发展关联—带动等。