随着我国经济体制改革的不断深入,为了建立与社会主义市场经济相适应的公共财政体系,我国从2001年开始实行国库集中支付制度。国库集中支付制度不同于以往国库分散支付制度,它是以国库单一账户体系为基础,以国库集中支付为资金拨款主要形式的财政国库管理制度。国库集中支付制度的实行降低了财政资金运行成本,从根本上解决了财政资金多环节拨付、多头管理、多户头存放的弊端,提高了财政资金使用效益。国库集中支付制度改革幅度大是一项系统性工程,对事业单位的会计核算工作产生了重要的影响,给事业单位会计核算增添了新的内涵和要求。国库集中支付改革迄今为止,事业单位在会计核算工作中不同程度地存在着不规范现象。为了适应公共财政体制改革以及事业单位发展的新形势和新要求,本文对国库集中支付制度改革下事业单位的会计核算问题进行研究。本文首先介绍了国库集中支付制度的概念、账户体系与国库集中支付制度下的支出拨付方式；接着阐述了国库集中支付制度对事业单位会计核算带来的影响以及这些影响导致的事业单位传统会计账务处理的变化,包括财政直接支付方式下会计账务处理、财政授权支付方式下会计账务处理、年终结余资金账务处理,会计报表的调整、会计监督内涵扩展、会计核算趋势与职能的转化；然后分析了国库集中支付制度下事业单位会计核算存在的问题,并结合问题提出相应的对策建议：对于事业单位会计核算基础与国库集中支付制度存在不一致的情况提出事业单位现行会计核算基础需逐步由收付实现制向权责发生制转变；规范会计入账依据建立票据管理规程；定期账户检查规范账户设置；改革报表内容建立完善的报表体系；加强会计控制等等。最后,以A航务管理局为案例,分析了A航务管理局如何解决国库集中支付制度下会计核算遇到的问题。通过本文研究提出加强事业单位国库集中支付下会计核算工作的建议,有利于规范事业单位国库集中支付下会计核算业务,有利于事业单位建立完善的会计核算体系。