本文对从棉籽粕中提取棉籽蛋白的方法进行了研究，同时对提取过程中的副产物棉籽糖的分离纯化和干燥过程进行了研究。
　　棉籽粕经粉碎后，先用水溶液对其含有的棉籽糖进行提取，以避免棉籽糖对棉籽蛋白后续的分离纯化造成影响。最佳水提取条件为：加水量为原料质量的20倍，在温度40℃的条件下提取时间为2小时，此时棉籽糖的提取率达98.7%。
　　植物细胞壁主要由纤维素和果胶组成，由于棉籽细胞壁太硬，为了提高棉籽蛋白的提取率，我们先用纤维素复合酶将棉籽细胞的细胞壁破坏，使细胞里面的蛋白质易于提取。对水提取后的棉籽粕用纤维素酶酶解的最佳条件为：pH5.0，温度50℃，酶解时间2.0小时，加酶量0.4%。
　　然后再用碱性蛋白酶Alcalase2将棉籽蛋白酶解成易溶于水的多肽和氨基酸，从而达到提高棉籽粕里面中棉籽蛋白提取率的目的，其中碱性蛋白酶Alcalase2的最佳酶解条件为：pH8.5，温度55℃，酶解时间3.0小时，加酶量4.0%。此时，棉籽粕中蛋白的提取率达到86.4%。
　　提取副产物棉籽糖的水溶液经过微滤膜N100除杂，可使棉籽糖透过率高达98.7%、杂质截留率达18.9%；然后再经纳滤膜DLC浓缩，选浓缩后棉籽糖截留率高达99.4%，棉籽糖的纯度达87.5%，经干燥得到棉籽糖干粉产品。