近几年,随着我国经济快速发展,大量人口向城镇汇集,高度膨胀的住房需求和高昂的房价为“小产权房”的兴建创造了有利条件。“小产权房”在市场中非法流通,威胁着我国耕地红线、损害购房者合法权益、影响市场秩序。整治违法在建、在售的“小产权房”成为了当前政府的重要议题。自1997年以来,中央政府再三发布申明,禁止开发“小产权房”,提醒购房者“小产权房”的潜在风险,并要求各地方政府进行整治。但由于国有土地和集体土地的两种产权管理制度、相关法律的滞后、农民集体的利益诉求、安居工程的供应不足等原因,政府对“小产权房”的治理收效甚微。本文以福建省厦门市政府治理“小产权房”的情况为例,展开相关调查研究。依据相关的调查数据和案例,从土地制度、政策执行、利益均衡和公民参与治理等四个方面总结厦门市“小产权房”治理的困境。由个别到总体,总结出国内政府治理“小产权房”困境的原因,并从二元制度、法律因素、管理因素、利益均衡因素进行深入分析,提出相应的解决对策。期望本文能为政府治理“小产权房”提供一定的参考依据。