国以农为本,农以种为先。2011年,《关于加快推进现代农作物种业发展意见》的颁布将我国种业发展提升到了国家战略的高度。随着种业市场化改革的不断推进,国内种业逐步发展起来,日益展现的效益空间,吸引了跨国种业公司与各行业资本的强烈关注,跨国种业巨头通过先进的科研技术和成熟的“育繁推一体化”模式对中国种子产业展开强势渗透,对国内种子企业的发展造成巨大挑战和竞争压力。面对跨国种业的入侵,我国种业必须抛弃传统育种模式,进行商业化育种,使企业和科研单位相结合,在市场的引导作用下,开展以企业为主体,以资本为纽带,利益共享、风险共担的科企合作模式,有效提高研发效率,实现资源共享、资源优势互补、分散风险等。研究科企合作以及科企合作的创新模式有助于更好地开展科企合作,对企业和科研单位具有良好的借鉴作用,同时有助于增强中国种业竞争力,保护国内种子企业和粮食安全。本文的研究内容包括：第一部分,导论。主要介绍了本文的研究背景、意义,研究的文献综述、研究内容、研究逻辑框架、研究方法和数据来源等。第二部分,四川种业科企合作概况。首先介绍了四川省种业发展历程,通过时间序列对四川省种业发展历史进行了梳理,并搜集数据对四川省种业现状进行了描述性分析；其次介绍了四川省种业产学研合作概况,同样通过时间序列分析了早期的产学研合作,并通过问卷调查探讨了深化后的产学研合作,即科企合作现状。第三部分,四川种业科企合作的模式分析。通过调研总结出,四川省种业企业主要使用了5种模式开展合作,分别是：直接购买新品种、委托研发、协议约定任务、共建研发团队和共建创新平台,并分析了各模式的要素流动规律和特点,以及各模式下的利益分配方式和风险分担方式,最后指出了合作中存在的6种制约因素。第四部分,国内外种业企业科企合作模式分析。介绍了国内外种业科企合作的一些模式；同时选择了国内外两家有代表性的种业公司(仲衍公司和先正达公司)进行了案例分析；第五部分,加强科企合作的对策建议。本研究主要结论为：(1)四川省种业科企合作发展良好。近87%的被调研企业开展了科企合作,93.8%的被调查者认为近5年参加科企合作的质量良好,仅6.2%的被调查者认为近5年参加科企合作的质量很差,同时有近91.7%的企业希望在未来3年与科研单位合作；(2)不同选择模式的要素流动方式不同。共建创新平台的科企合作模式中要素流动最为全面充分,企业的市场、资金、人才、技术要素和科研单位的人才、技术、资金、种质资源要素进行了双向流动,从而使全要素协同创新；(3)合理的利益分配方式和风险分担方式是科企合作顺利开展的有效保障。不同的模式下的利益分配、风险分担方式不同,合作过程中应根据不同情况协议约定各方的利益和风险,保障科企合作的公平、公正；(4)科企合作模式中的主要制约因素是：融资渠道单一、双方创新要素流动率低、合作成果利益分配机制不健全、合作风险分担机制不完善、信息、沟通、激励机制不健全、种业体制机制不完善。综上,对加强科企合作提出如下对策建议：(1)建立科企合作战略联盟；(2)完善政策环境；(3)完善利益分配、风险分担制度；(4)完善信息、沟通、激励机制；(5)建立多渠道、多层次的资金投入机制。