改革开放以来，我国经济形式呈现出一片繁荣，但也滋生了腐败和贪污，即便是育人成材的校园也无法避免。近年来，高校科研究经费的挪用引发了舆论纷争，以假发票、假合同套取官方经费的不良事件迭出。为了扼制这种不良风气，将科研经费的用途落到实处，国家教育部于2015年发布了《关于加强直属高等学校内部审计工作的意见》文件，从审计工作入手，严查每一笔科研经费的流向。此前已有多名涉嫌科研经费套现的研究人员被中央通报批评，并遭到公安机关逮捕。为响应严查科研经费审计工作的国家政策，本论文基于高校科研经费使用的舞弊行为，研究对应的策略。
　　本研究采用了四种方法对S高校内部控制进行研究：第一是规范研究法，参考国内外现行法律法规的标准，推断内部控制存在的漏洞及财务舞弊发生的原因；第二是文献分析法，借鉴国外经验案例的成功之处，结合国内高校的现状判断其适用性；第三是实例研究法，整合相关文献，以S高校此前的真实案例为基础进行对比，深入总结出S高校当前内部控制上的弊端。第四是理论研究法，分析高校组织机构的根本性质，探究内部控制失灵对其职能实现的影响。研究结果表明S高校存在目标不明确、信息渠道不畅通、机制不健全、绩效评价体系不完善、环境建设不理想等问题，针对这些问题本文引入了项目管理方法，从提高预算编制质量、严控预算执行进度、细化预算经费科目、保障管理人员队伍等方面提出了优化预算管理模式的建议。
　　本研究立足于实践案例S高校的专项资金内部控制管理，创新点主要有两点，一是将高校的专项资金作为研究视角，二是将高校财务舞弊研究集中到专项资金管理上，为内部控制的理论探索和实践经验提供平台，对国内高校内部建设起到良好的示范作用，具有一定的警示意义，有利于我国教育事业的长足发展。