科技工作是中国特色社会主义事业的重要组成部分,党的十九届六中全会精神指出,坚定自信、砥砺奋斗、走向未来,加快发展我国科技事业、建设世界科技强国,是我国在今后的一项重要工作。六中全会强调,审计是党和国家监督体系的重要组成部分,需要通过开展常态化“经济体检”,促进提高公共资金、国有资产、国有资源的使用绩效,以高质量审计护航高质量发展。随着科技重大专项项目持续推进,政府开始注重重大专项资金的使用效果。财政部,科技发展部联合发布的《国家科技重大专项（民口）资金管理办法》要求对科技重大专项资金使用情况进行考核。财政部发布的《大型油气田及煤层气开发国家科技重大专项项目（课题）/示范工程综合绩效评价工作细则（试行）》中明确说明了项目结题时,承担单位需要对项目执行情况进行自我评价,对资金使用及结余情况进行说明,预算执行情况提交报告,因此承担单位需对专项资金使用情况进行绩效自评,以提高专项资金使用效率。论文主要围绕科技重大专项资金绩效审计这一主体问题,以S公司科技重大专项项目为主要研究对象,剖析了绩效审计指标存在的问题,并确定了论文研究意义和实用价值。首先,本文从新公共管理论、绩效审计5E理论、受托经济责任理论及绩效管理理论入手,剖析了重大专项资金及其绩效审计的特殊性;然后,通过调研访谈、查找资料剖析了S公司的科技重大专项资金绩效审计现状,将其存在的问题总结为4个方面,分别是评价指标划分层次笼统未形成体系、基于定性指标的主观评价为主、评分标准缺乏统一性和科学准确性、指标权重的确定方法不够精确;随后以油气开发项目管理特点为突破口,根据相关文件及制度,从项目投入——项目过程——项目绩效三个阶段,建立出了一个构建适应油气开发项目管理特点的多层次绩效审计评价指标体系;然后利用层次分析法赋予新指标体系权重,并结合功效系数法对新指标体系作出了无量纲化处理;结合S公司科技重大专项项目应用新构建体系,运用新指标体系进行绩效审计,并通过与原指标体系比较分析,进一步证实了新指标体系的优越性和实用价值;最后,对开展的专项资金绩效审计,给出了科学确定指标权重、完善科技重大专项资金绩效审计评价标准、加强科技资金全过程的审计、采取风险导向审计为主的审计模式等的具体保障措施。从而为S公司科技重大专项资金绩效审计、提高绩效审计服务质量与效果、为同行业的其他单位开展绩效审计工作提供了指导和借鉴。