以知识经济为基础和核心的科技创业企业，在经济增长、产业结构优化升级、推动科学技术进步及其产业化、增加就业、建设创新型国家等方面发挥着重要作用，是一种重要的商事组织。科技创业企业创立初期，常常遇到技术不成熟，管理不规范，资金短缺等困难。随着我国经济的强劲增长，风险投资业快速发展，风险投资总量不断增加，一部分风险资本进入科技创业企业。而我国的科技创业，由于法治不严，诚信缺失，创业环境较差，加上科技创业企业成长过程中，不确定性因素很多，具有高投入、高风险、高收益、投资者信心不足、融资困难、经营方式多变、委托代理关系特殊、企业成活率低等特点，很多风险资本进入科技创业企业后，双方摩擦不少，矛盾不断，逐步升级，导致合作中止，企业破产，创业失败。作为融资者的科技创业企业和作为投资者的风险资本之间，充满了新制度经济学中所说的机会主义、道德风险和逆向选择等问题。科技创业与风险投资双方是矛盾对立与统一体，是一个自组织关系系统。　　为了吸取科技创业失败的教训，总结科技创业成功的经验，借鉴发达国家成熟的做法，结合我国国情，本文综合运用多学科、多理论、多视野的原理、方法、手段和措施，运用行为经济学理论等经济学分析工具，通过问卷调查，结构方程模型等实证研究，对科技创业与风险投资冲突管理问题进行了自组织系统的理论探析，对双方冲突的成因进行了分析，对科技创业与风险投资冲突的发展过程与冲突管理现状进行了剖析，创新了科技创业与风险投资冲突管理制度，为我国科技创业活动提供了新的理论视角和实践参照，帮助科技创业企业合理化解矛盾，避免冲突，有效提高科技创业企业创业成功的概率。本文的主要内容有:　　第一、本文从经济学角度分析了我国科技创业企业与风险投资人之间冲突的根源，指出近年来我国风险投资数量剧增，但是符合风险投资需求的科技创业项目难寻，科技创业项目需求旺盛，但供给严重不足，经过市场的充分竞争，使风险投资投资于科技创业项目的成交价格远远超过项目的合理价格。　　第二、本文揭示了科技创业团队与风险投资人之间冲突的原因，指出我国由于转型经济的痼疾和契约精神的缺失，科技创业团队与风险资本之间的矛盾冲突此起彼伏、甚嚣尘上，常常闹到水火不丰相容的地步。冲突产生于逆境之中，导火线是机会主义行为，特别是科技创业团队机会主义行为居多，根源在于微妙的信息不对称，科技创业团队具有天然的信息优势和主导优势，风险投资方具有天然的信息弱势和企业控制权弱势。　　第三、本文分析指出，科技创业团队与风险投资人在冲突过程中要经历情感冲突、功能冲突、手段冲突，最后到目标冲突，使得科技创业团队和风险投资人之间冲突加剧，甚至中止合作，联姻失败。文章指出，如果我国沿用美国等西方国家的冲突管理解决范式,则很难有效缓解双方冲突，这套模式可用来对付市场出现正常情况下的冲突管理，但对于市场不出清情况则完全失效。现有的冲突管理解决办法存在事前调查流于形式，科技创业团队诚信缺失。风险投资人的管理力度不足，创业失败，风险投资对科技创业团队约束无力等漏洞。　　第四、本文设计了科技创业和风险投资之间冲突管理的解决措施和办法。这些办法包括:完善尽职调查，协议规范，设计如优先清算权、防稀释条款、保护性条款、领售权和股份兑现等措施，以及进行事前惩罚、淡化科技创业企业的股权，强化风险投资企业的委托如增加风投董事、增加风投投票权、加强风投对企业财务监管，在科创企业绩效不足，通过更换科创团队高管和管理团队，绩效达标，兑现承诺或进行奖励来激励和约束风险投资企业等。　　第五、在实证研究中，本文采用SPSS16.0软件及AMOS16.0软件，设计了调查问卷、通过问卷的预测试，对问卷的信度检验和效度检验，在正式调查中对问卷进行了探索性因子分析(EFA)和验证性因子分析(CFA)，构建了现有冲突管理模式和科技创业企业绩效之间的结构方程模型(SEM)，本文还在引入了四个创新冲突管理策略指标，得出一些列研究结论，这些研究结论在我国经济快速发展过程中，尤其是在我国现阶段国内法治环境较差、诚信度较低的环境约束下，希望能对科技创业企业的实践有所裨益。