多年来,由于重视科技创新在经济发展中的作用,我国R&D资本投入不断增长,科技发展走的是规模扩张道路,R&D资本存在无效积累和利用效率低下的问题。R&D资本错配已成为制约我国科技进步的重要因素之一。在此背景下,根据一个地区科技和经济的发展需要来配置R&D资本,对促使我国科技创新发展模式由“粗放型”转变向“集约型”、实现R&D资本“提质增效”具有现实意义。本文从理论和实证两个方面,对我国30个省市自治区(除西藏外)的R&D资本错配的问题与对策做了针对性探讨,并对我国R&D资本错配整体情况做了综合性分析。首先,从R&D经费投入的强度和结构两方面入手,对我国R&D经费投入现状进行分析。其次,简要阐述了实物期权理论及其应用情况,结合对我国R&D经费投入现状的分析,为提出“我国R&D经费投入具有实物期权特征”的观点奠定理论基础,之后从实物期权出发,结合我国R&D经费投入的实际情况,重新设计Black-Scholes(B-S)模型并求解,用以推定有效配置下、与地区的科技和经济发展相协调的合理R&D资本投入量。然后,借助于我国30个省市自治区2000~2015年的面板数据对各地区分别进行实证分析。研究发现,2000~2015间各地区的合理R&D强度总体上呈现出先升后降的趋势,而实际R&D强度平稳上升,二者的差距总体上经历了先扩大后缩小的过程。这反映了各地区R&D资本配置与其科技、经济发展水平不匹配的情况,即存在R&D资本错配。根据二者的变化情况,本文创新性地将我国各地区面临的R&D资本错配情况分为两种:实际研发投入较科技、经济发展的需要而言过低,以至于无法充分发挥科技对经济发展的引擎作用,这是第一种R&D资本错配;伴随着研发投入的不断增加,新的错配情况表现在盲目增加的研发投入带来的经济效益尚且比不上将这部分R&D资本仅仅作为资本投入到社会再生产过程中所带来的经济效益,这是第二种R&D资本错配。这种区分方法便于后续研究。最后,本文提出各地区应根据自身发展的实际需要来确定R&D资本投入规模、调整投入结构:在扩大研发投入规模的同时,放缓研发投入强度提升的速度,提高对基础研究的投入比例,使得R&D资本被有效吸收,提升其使用效率。并且结合对我国R&D经费投入现状的分析,提出协调好政府研发资助与企业研发投入的关系,合理安排政府研发资助,将其用于正确引导企业研发投入方向、鼓励企业进行创新,不仅使政府研发资助的效果更佳,而且提升企业的R&D资本使用效率,使其达到“1+1>2”的效果。