作为法相唯识宗的三祖,慧沼在初唐佛教发展中起到了承前启后的关键性作用。整体而言,慧沼继承了玄奘、窥基以来的事业,并为唯识学的发展和此后传向日本作出了贡献。同时,其又在面对外部压力的情况下,维护本宗派理论。第一章,主要对慧沼零散的传记资料进行整理与分析。根据考证,与慧沼生平相关的传记资料共七种,即李邕撰《唐故白马寺主翻译惠沼神塔碑并序》、日本兴福寺所藏《弥勒菩萨厨子像》扉文、《宋高僧传》卷四“唐淄州慧沼传”、昙噩述《新修科分六学僧传》“周慧沼”部分、《释慧沼等造石桥记》、《大唐齐州神宝寺记碣铭》和日本华严宗僧侣凝然的相关作品。第二章,依据传记资料,主要对慧沼生平进行梳理。其中涉及一个核心问题,即唐代法相唯识宗为何衰败。慧沼带着前朝政治色彩,所以在玄宗朝的政治、宗教环境中处在较为不利的位置,同时,其又将弥勒信仰与金刀之谶集于一身,这两点恰为玄宗所禁忌。由此,诸多要素和合,直接导致了法相宗的衰败。第三章,对佛性论争的准备阶段“判教”进行讨论。经典信仰是佛教思想发生的起点。但又由于佛教经典是数量众多、内容庞杂的经典群,这就引申出判教的问题。慧沼判教论主要是被两个坐标来确定:第一,唯识思想发展史;第二,对以法宝为代表如来藏系思想的回应。法相唯识宗的判教以《解深密经》三时说为基底,在去除“时”这一标准的思路下,圆测、窥基分别开显出理、机两个标准。与之不同,法宝判教论仍遵循南北朝以来的主张,以说时前后为标准,成立了五时说。在这一背景下,慧沼作为对法宝判教的回应,和对圆测、窥基的继承,最终确立了以义理为最高判释标准的顿渐三时说。第四章,是对佛性论争核心理行佛性的讨论。通过对原始佛教到大乘佛教“佛性”一词的使用和翻译的考察,以及其与“法性”（dhamatā）、“法界”（dhātu）等词语关系的探讨可以知道,“佛性”直接对应的梵文原语以tathāgata（或buddha）-dhātu较为确切,这也与《涅槃经》中从以dhātu为“佛性”概念雏形到tathāgata（或buddha）-dhātu为“佛性”的情况相一致。而dhātu在唯识思想中基本等同于ālayavij（？）āna（阿赖耶识）,dhātu也就在此义上进入“一切法”（sarva-dharmāh）的层面,成为涵盖现实世界的概念。这也就与gotra在含义上近似。所以唯识学在对tathāgata（或buddha）-dhātu的解读上更侧重修道论层面。与此不同,如来藏思想是将dhātu放入tathāgata-garbha（如来藏）立场来理解,所以dhātu通于理、事,由此tathāgata（或buddha）-dhātu也就成为贯通缘起理法（dhamatā）与一切法（sarva-dharmāh）的概念。可以看到,恰是概念理解上的分歧造就了佛性论的不同。具体到慧沼,理、行、隐秘三佛性说,理性部分,慧沼基本继承了此前唯识学的理解,以真如定义理性。在行性的诠释过程中,慧沼将窥基有漏法的意义明确化,进而使得玄奘以来“行性=本有无漏种子”的理解推进到了更宽泛的“行性=有漏、无漏一切万行”的范围内。而慧沼成立第三隐秘佛性则是用于解决窥基隐含地视能覆“理性”之烦恼为佛性带来的理论困境。第五章,是对佛性论争完结问题“真如”的讨论。佛性论的讨论中,处于思想脉络最顶端的是“本有”概念,而“本有”又以“无漏种子”为载体显现。无漏种子不仅停留在“法尔而有”的先验本有,其更是“先验的有而可作为经验的有的可能条件的”超越本有。实际上,作为成佛正因的本有无漏种是在“依附说”的前提下,平行地容摄了存在论与修道论。所以将之视作“生起原则”是准确的。与此对应,“如来藏”的超越本有则是自存在论纵向过渡到修道论。那么,这种纵向的结构就形成了“呈现原则”。从“本有”出发,就引出唯识学的“真如”观。唯识学中早期真如观（《解深密经》以前）是在真如与四圣谛的关系下被言说的,到《解深密经》以后,四圣谛逐渐被真如统摄,真如与种子的关系问题又成为核心,并在最后形成法宝与慧沼对真如所缘缘种子的不同理解。整体而言,佛教之学无非流转与还灭二门。流转门解释现象生成与运转,还灭门则围绕修道与解脱展开。慧沼代表的唯识学以有为有漏第八识为流转之体,使得有漏法在自己的序列中顺利运转;但因为有漏法、无漏法的不相干涉,无为无漏的真如被悬置而无有作用,这让有漏众生如何证得出世间法成为难题。在总原则下,唯识学只能接受有漏“断灭”以获得清净,而这一无漏序列的运作,必须完全依赖“依附”于第八识的（有为）法尔本有无漏种子来实现。但毕竟无漏种子属有为,在“本有”义上的判定就变得模糊,甚至倾向法宝所批判的代有生物遗传学色彩的“始有新熏”义。正因为无漏的序列围绕有为的本有无漏种子展开,而众生在流转过程中又并非无差别的通达解脱,本有无漏种子便不可能达到无为无漏真如的平等遍在。这将唯识学依本有无漏种子建立的还灭门推向众生具有的无漏种子不同的结论,并由此导向五姓各别说。与此相对,法宝代表的如来藏思想,在理论逻辑起点上便并没有建立有漏法、无漏法的严格界线。这让还灭门的讨论较唯识学“轻松”许多。真如具有不变与随缘二义,即真如不仅作为解脱的依因,更具有生成性而生出世间法。所以法宝才会将真如与种子等同。这样,众生修道与解脱的过程完全以平等遍在的真如展开,有漏法也并不需要靠“断灭”才能引向无漏的序列,而是直接可以转成。在此基础上的众生差别无疑均属于真如之外的新熏层面。这样“众生皆有佛性”得以实现。但如来藏体系在还灭门上顺利的“代价”就是流转门的矛盾。因为无漏与有漏之间没有界线,流转有漏众生的成立依然需要归向无漏之真如。这样,众生依真如流转,又依真如还灭,这一体系的运转本身就变得“多余”。