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大豆灰斑病是真菌性病害,世界多地广泛存在,严重影响大豆的产量和品质。培育抗灰斑病品种是防治大豆灰斑病较为有效的方法。大豆对灰斑病抗性为数量性状,利用分子标记选育品种会缩短育种年限,提高育种效率。大豆灰斑病的10号生理小种是黑龙江大豆灰斑病的优势小种之一,发掘大豆灰斑病10号生理小种抗性位点,将为培育抗病品种提供理论基础。本研究以202份黑龙江主栽大豆品种为试验材料,构建一个自然群体,采用187对SSR标记对其进行全基因组扫描,人工接种进行抗大豆灰斑病10号生理小种抗性鉴定;分别利用PowerMarker version 3.25、Structure 2.2软件、Ntsys 2.10软件对群体进行多样性、群体结构和距离分析,并以MEGA7.0绘制邻接聚类图;利用TASSEL2.0软件进行连锁不平衡、衰减距离和关联分析,当P<0.05时认为标记与性状显著关联,计算等位变异的表型效应值,发掘优异等位变异位点和相应的载体材料。本研究主要结论有以下三点:1、202份大豆材料对大豆灰斑病10号生理小种的抗性表现为抗病材料15份,中抗材料138份,感病材料48份,最大值为66,最小值为34,平均值为55.62,遗传变异系数为14.2%,群体品种抗病指数呈正态分布。共检测到多态性位点808个,平均每个标记的多态性位点4.42个;群体的平均多态性信息含量指数为0.406;平均基因多样性指数(He)为0.45。202份大豆材料组成的自然群体可划分为三个亚群,分别由90、51、61份大豆品种组成,不同亚群间存在一定程度的遗传混杂。2、位点之间均存在一定程度的连锁不平衡,群体中D’值随遗传距离的增大而减小,通过回归分析发现D’值的衰减遵循方程y=-0.083lnx+0.5817,R~2=0.2515。检测到7个与抗大豆灰斑病10号生理小种相关的位点,分别是位于D2连锁群上的satt372,其贡献率为7.14%;O连锁群上的satt478,其贡献率为4.01%;A1连锁群上的satt200,其贡献率为7.4%;N连锁群上的satt549,其贡献率为14.74%;B1连锁群上的Satt197,其贡献率为9.86%;J连锁群上的sat-366,其贡献率为3.69%;I连锁群上的satt587,其贡献率为5.36%。3、通过对大豆灰斑病10号生理小种抗性关联的7个SSR位点进行等位变异的表型效应值分析,得出对抗大豆灰斑病10号生理小种具有增效作用的等位变异共有13个,其中增效效应最大的等位变异为satt587-185,效应值为19.58,载体材料为‘东农50’。增效效应最低的等位变异为satt200-249,效应值为0.3,载体材料为‘绥农38’。与抗大豆灰斑病10号生理小种具有减效作用的等位变异共有17个,其中减效效应最低的等位变异为satt549-238,效应值为0.29,载体材料为‘合丰22’、‘黑河20’。减效效应最大的等位变异为satt200-278,效应值为7.38,载体材料为‘黑河16’。