凡纳滨对虾（Litopenaeus vannamei）具有较强的环境适应能力，对盐碱水环境有一定的耐受性，但在高pH、高碱环境下的存活率不稳定。为探究凡纳滨对虾对长期高碱胁迫的响应机制，本研究以低碱对照组（LSW：碳酸盐碱度为3 mmol/L，盐度为6,pH为8.1）和高碱胁迫组（AW：碳酸盐碱度为10 mmol/L，盐度为6,pH为8.8）养殖42 d的凡纳滨对虾肠道和鳃组织作为实验材料，通过Illumina平台进行转录组测序，对测序数据进行拼接、注释，进而筛选、分析高碱胁迫下的差异表达基因及调控通路并进行定量PCR验证。结果显示，2个组织共同差异表达基因有243个，其中，98个表达上调，145个表达下调。肠道中差异表达基因主要集中在糖代谢、碳水化合物消化吸收、胆汁分泌、ABC跨膜转运、紧密连接以及免疫调节等途径。鳃中差异表达基因主要集中在谷胱甘肽代谢、碳酸氢盐转运、精氨酸合成、糖代谢以及离子转运等相关途径。进一步筛选获得10个最显著的差异表达基因，经qRT-PCR验证发现，凡纳滨对虾鳃中碳酸酐酶（CA1、CA10）、蜕皮激素诱导蛋白（Eip74EF）、β-半乳糖基转移酶（UGT8）基因在高碱胁迫下均表达下调，而Na+/K+-ATPase-α（NKA-α）、Na+/K+transporting ATPase interacting （NKAIN）、氨转运蛋白（Rhbg）、苹果酸脱氢酶（MDH）等基因表达上调，与转录组表达趋势一致，推测其可能参与了对虾高碱胁迫下的应激响应。凡纳滨对虾表现出较强的高碱适应性，可能是通过下调鳃中CA的表达，补偿体内碱中毒，上调Rh氨转运蛋白防止氨在体内积累，上调NKA相关基因维持体内渗透平衡；但蜕皮激素诱导蛋白（Eip74EF）显著下调，推测其蜕皮功能受到影响。本研究为深入探讨凡纳滨对虾在长期高碱胁迫条件下的生理响应机制提供了基础数据。