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中世纪并非黑暗，中世纪的科学与宗教也并非截然冲突，而是有着复杂的关系和深刻的相通之处。中世纪的自然哲学与神学相互渗透和影响：一方面，自然哲学家们可以一般地援引上帝的绝对能力，超出亚里士多德自然哲学来分析问题；另一方面，对《圣经》以及其他神学著作的评注需要大量运用自然哲学知识，中世纪晚期自然哲学和数学的概念与技≯了被大量运用于与创世无关的神学问题。基督教与近代科学之间有着深刻的内在关联，这为近代科学开辟了道路。