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牙菌斑中绝大多数细菌为口腔正常菌丛，是人类与微生物长期共存进化过程中形成的微生物群，对宿主无不良影响，仅少数细菌与牙周病的发生、发展密切相关，在各型牙周病的病损区，常可分离出一种或几种优势菌，它们具有显著的毒力或致病性，能通过多种机制干扰宿主防御能力，具有引发牙周破坏的潜能，称之为牙周致病菌（periodontal pathogen）。用于检测牙周致病菌的方法很多，如细菌培养、免疫分析、酶促反应、分子生物学、聚合酶链反应（PCR）等。