慢性乙肝的根本治疗措施是抗病毒，所用药物主要有a干扰素和核苷类似物两大类。在评价抗病毒疗效时，需要进行乙肝病毒学检测，检测内容包括乙肝五项指标(俗称两对半)和病毒脱氧核糖核酸(HBV DNA)。乙肝五项指标检测结果常常用阴性和阳性来表示，正常情况下应该全部是阴性，接种过乙肝疫苗或感染了乙肝病毒并完全恢复者可以出现表面抗体(抗一HBs)阳性，而慢性乙肝病毒感染者表现为表面抗原(HBsAg)和核心抗体(抗－HBc)持续阳性，同时可能还有e抗原(HBeAg)或e抗体(抗－HBc)阳性。HBVDNA低于检测水平为阴性，高于检测水平为阳性。“乙肝转阴”是临床医生、患者及其亲属普遍关注的问题，但“乙肝转阴”是一个笼统的说法，不同的检测项目有不同的概念，其臨床意义也不完全一样。
　　表面抗原转阴
　　表面抗原是乙肝病毒感染的重要指标，其转阴说明彻底清除了病毒感染，是乙肝患者治疗的终极目标。表面抗原转阴一般都伴随着HBV DNA和e抗原的转阴，肝炎从此完全康复。但也有例外，这就是所谓的“隐匿型肝炎”，即表面抗原阴性，但血液或肝组织内HBV DNA仍阳性，并经常出现转氨酶升高。
　　e抗原转阴
　　临床上，慢性乙肝分为两大类，一类是e抗原阳性慢性乙肝，另一类是e抗原阴性慢性乙肝。e抗原是病毒复制活跃，传染性强的指标。对第一类患者来说，当e抗原由阳转阴、同时又伴有e抗体由阴转阳时，便是俗称的“大三阳”变成了“小三阳”。出现这种情况时提示病情趋于稳定，病毒复制能力减弱，传染性明显降低。把“大三阳”变为“小三阳”是e抗原阳性患者抗病毒治疗的主要目标之一，用a干扰素治疗转变概率在30％～40％，用核苷类药物治疗转变概率在20％～30％。
　　HBV DNA转阴
　　检测HBV DNA可以直接了解体内病毒的含量，其数值越高，说明病毒复制越活跃，如果转阴，则说明病毒复制受到较好的控制。但应注意的是，由于检测技术的限制，各实验室都设定有最低检测值，也就是说，当HBV DNA低于这一水平就检测不到了。所以，当HBV DNA低于检测水平或者报告阴性时，并不等于体内彻底没有了病毒，只是说明病毒含量很低，低到现有的技术水平检测不到而已。还应注意的是，现在各个医院检测HBV DNA采用的都是聚合酶链法(PCR)，这一检测技术要求非常高，不同的实验条件，检查结果会有一定差别，所以一定不要把不同医院的检查结果进行相互比较。
　　专家提醒：勿盲目追求转阴
　　表面抗原转阴是慢性乙肝患者治疗的终极目标。但是，由于乙肝病毒的顽固性以及药物治疗的局限性，所以能够达到这一目标的患者微乎其微。虽然十多年来随着抗病毒治疗的广泛开展，表面抗原转阴的现象逐渐增多，但在我国庞大的乙肝群体中仍然是占极少数。不管采用何种抗病毒药物，最基本的治疗目标是保护肝细胞，让肝功能稳定、正常。总之，盲目追求乙肝阴是不可取的，特别是不要轻信虚假医药广告不切实际的宣做，以免给自己背上沉重的思想负担和经济负担。