新干线于1964年正式开通，运行47年来，没发生过一起运行期间的车内乘客伤亡事故。即使在2004年中越大地震的剧烈摇晃中，一列新干线发生脱轨事故，车上155人也没有一人死伤。
　　
　　只有“更安全”
　　
　　从车辆和轨道技术上来讲，目前的新干线无疑是安全系数最高的。即使这样，日本仍不断摸索着一整套多重安全确保系统。
　　目前，每天在全日本范围内运行的新干线都由位于东京的新干线综合指令所进行管理控制，其运用的新干线综合系统，可对所有新干线的运输计划管理、运行管理、车辆调配、设备管理、电力系统控制等进行统一管理，以确保信息的准确性和及时协调。其中在运行管理的安全确保方面，启动的行进控制系统PRC（Programmed Route Control）不仅自动控制车辆准时进出，在发现列车延误及发生故障时会及时发出警报，实现远程控制列车减速和停车待避。
　　但是这样的安全控制，仍不能被认为是安全的，电脑一旦“死机”后果不堪设想。于是，所有PRC系统都实行三重保险配置，一部系统瘫痪或出现错误，还可以根据另外两部提供的信息进行判断控制。此外，中央的指令所也上了“双保险”。1999年在大阪新设了新干线第二综合指令所，即便在地震灾害等导致综合指令所丧失机能的情况下，新干线也仍能安全运行。
　　
　　有时间限制的“安全”
　　
　　不仅限于新干线，日本对所有机械类的安全运行保障，都始于防患未然的日常检查。
　　对于新干线的车辆检查可以说是庞大而繁琐。对于检查项目内容，也有明确的法律规定。根据国土交通省《关于铁路技术标准的省令》规定，以时间和检查部位划分，对一辆新干线列车要进行日检查、交换检查、月检查、重要部位解体检查、整体解体检查等。而每次检查多则包括上千个检查项目。
　　对新干线轨道的检查也是日常检查的重要组成部分。每晚12点到凌晨6点的新干线停运期间，进行的线路检查包括确认线路是否有磨损，沉降。并将每天收集的数据记录在案。同时，在开发新干线的同时，还开发了专门检查线路的新干线电气轨道综合试验车，这种车与新干线运行车型一致，并以与普通新干线接近的时速（每小时270公里），每隔十天在营运轨道上运行一次，并在运行中实际记录并检查线路的磨损、列车自动控制装置的启动状况、无线电的通信状态等。
　　这样日复一日、繁琐的安全检查看似枯燥但却往往能发现容易忽视的小误差，避免最后酿成重大安全隐患。
　　中越大地震中上越线新干线的脱轨事故，虽没有造成人员伤亡，但仍在日本铁路业内引起一次强烈的反思。2年内，日本为所有新干线的车轮安装了防脱轨装置，以及万一脱轨后的防车轮破裂装置。而当时因脱轨受损严重的车辆，作为事故研究学习的资料，至今仍存放在JR东日本的从业人员教习所里。
　　
　　不相信“人定胜天”
　　
　　台风地震等自然灾害频发的日本，深谙不能和老天爷对着拼的道理。跟飞机一样，只要遇到不利天气，即使影响群众出行，损失利益，新干线也一律以减速、停运来确保安全。关于新干线停运有明确的标准。比如，强风的情况下，风速达到每秒20-25米时，实行时速170公里以下的速度限制。当风速达到每秒30米以上时，则需要中止运行。
　　其实，根本不存在什么“安全神话”， 唯一的“神话”也许在于时刻不放松的详尽的事前控制，在于如何最大限度地将不安全因素控制在最小范围内。