后金崇德元年(明崇祯九年,公元1636年)四月十一日,后金汗皇太极于沈阳称帝,改国号为大清,族名满洲。
　　崇德元年二月,皇太极称帝之前,派出数百人组成的异乎寻常的庞大使团,前往朝鲜。使团携带致“朝鲜国王之书”,书信中说,满洲与蒙古共举大汗皇太极为皇帝,朝鲜国王应亲来称贺,背弃气数将尽的明朝,转事满洲皇帝。
　　得悉書信内容,朝鲜举国愤慨。国王朝会群臣时,臣僚们纷纷痛切陈词:朝鲜与明朝的友好关系,是列祖列宗一脉相承下来的,不可改变;后金此举实为“窃伪号”的不义行为,“于天朝(明朝)有叛逆之罪”,必须严辞拒绝,即使国家因此而灭亡。
　　在一片慷慨激昂的气氛下,皇帝李倧拒见来使、拒受来书。
　　后金使团愤然离开汉城,朝鲜百姓沿途向他们丢碎砖瓦块,羞辱他们。四月,皇太极在沈阳称帝时,朝鲜使臣罗德宪、李廓拒不下拜。
　　皇太极十分恼怒,称帝后再次致书李倧,责备他不通权达变,听信书生之言,以启兵衅。十二月,他亲率10万八旗兵入侵朝鲜。
　　清军渡过鸭绿江后,长驱南入,仅12天便抵达汉城城下。李倧将王妃、王子送往江华岛避难,自己率领文武百官退守南汉山城,同时派出崔鸣吉赴清营谈判。
　　次年正月,李倧被迫投降,称臣纳贡,允诺与明朝断绝往来,并将王子送沈阳为人质。这就是朝鲜历史上著名的“丙子虏乱”。
　　“丙子虏乱”后,朝鲜成为清朝的附属国,岁贡黄金100两、白银1000两、白苎布200匹、各色绵布2000匹等。
　　在国家危难之际,李倧虽被侵略者逼迫,仍不愿交出所谓“首谋败盟之臣”,即忠明抗清的爱国者。清人坚持要人,于是,司宪府掌令洪翼汉、弘文馆校理尹集、修撰吴达济三人挺身而出,为国赴难。三学士被挟持至沈阳。清廷以“倡议袒明,败盟构兵”的罪名,于三月初五日与四月十九日先后将他们杀害。
　　以“小中华”自居的朝鲜,沦为“蛮夷之邦”清朝的藩属国,在当时是令朝鲜君臣痛心疾首的事。李倧去世后,庙号“仁祖”,清朝赐谥为“庄穆”,但终李朝之世,此谥号以及清朝赐予李朝各国王的谥号,都不为朝鲜所用。