为了确定福建省三沙湾网箱养殖对海洋环境的潜在风险以及鱼病暴发时的环境影响因子,在2011年对网箱养殖鱼病暴发前和8月份病鱼大量死亡时的网箱养殖区与对照区的环境质量状况进行了调查。根据所获得的水质指标数据,对影响网箱养殖病害的环境因素进行了分析,运用PRIMER 6.0分析了底栖生物的物种多样性、群落结构和ABC曲线等。研究结果显示,网箱养殖向已经富营养化的三沙湾海域排放了相当数量的磷酸盐,病害暴发时海水中弧菌的数量显著升高。通过网箱养殖鱼类死亡数量与温度、盐度等水质指标的相关性分析,死亡率与三沙湾海水温度、盐度等水文环境有相关性,大潮期间死亡率降低,小潮期间病害加剧。网箱养殖降低了三沙湾底栖生物的物种数和物种多样性指数,但对保护大型底栖生物有一定的积极意义。基于以上结论,提出了促进三沙湾网箱养殖健康及可持续发展的相应措施。