辣椒苗期抗感疫病比较转录组学分析

来源 :华北农学报 | 被引量 : 0次 | 上传用户：yyk20071999

【摘要】

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为了研究辣椒抗疫病分子机制,探究其与抗疫病相关的功能基因,通过对114份辣椒自然群体抗疫病鉴定,选取1份抗疫病辣椒材料和3份感疫病辣椒材料,利用IlluminaRNA-seq测序平台进

【作者】

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雷阳成妍乔宁焦彦生苗如意杨玉花

【机构】

：

山西省农业科学院蔬菜研究所,山西省农业科学院农作物品种资源研究所

【出处】

：

华北农学报

【发表日期】

：

2019年3期

【关键词】

：

辣椒辣椒疫病转录组差异表达基因功能

【基金项目】

：

山西省农业科学院博士研究基金(YBSJJ1706);山西省农业科学院重点攻关项目(YGG1620)

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为了研究辣椒抗疫病分子机制,探究其与抗疫病相关的功能基因,通过对114份辣椒自然群体抗疫病鉴定,选取1份抗疫病辣椒材料和3份感疫病辣椒材料,利用IlluminaRNA-seq测序平台进行高通量转录组测序,将所得高质量的序列(Cleanreads)与Pepper_Zunla_1_Ref_v1.0参考基因组进行比对。结果显示,有78.95%~85.11%的Clean数据比对到唯一的基因组位点。采用RPKM法计算基因表达量,并在此基础上以FDR≤0.001和|log2Ratio|≥1为条件筛选出2组样本间差异表

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