【摘 要】
：
目的 对分离自母乳、婴儿肠道的植物乳杆菌进行全基因组测序,分析菌株间亲缘关系和细菌素合成相关基因.方法 采用Illumina高通量测序平台对不同来源的植物乳杆菌进行全基因组测序,质控过滤后的数据经Unicycler组装获得基因组精细图,通过比对COG、CAZy数据库对功能基因进注释,并借助BAGEL4等生物信息学分析工具鉴别植物乳杆菌素合成相关的基因簇,分析不同来源植物乳杆菌的益生潜力.结果 5株植物乳杆菌基因组平均鸟嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine,GC)含量为44％,母乳源植物乳
【机 构】
：
中国科学院微生物研究所, 北京 100101;中国科学院大学存济医学院, 北京 100049;中国科学院微生物研究所, 北京 100101;中国科学院遗传与发育生物学研究所, 北京 100101;中国
论文部分内容阅读
目的 对分离自母乳、婴儿肠道的植物乳杆菌进行全基因组测序,分析菌株间亲缘关系和细菌素合成相关基因.方法 采用Illumina高通量测序平台对不同来源的植物乳杆菌进行全基因组测序,质控过滤后的数据经Unicycler组装获得基因组精细图,通过比对COG、CAZy数据库对功能基因进注释,并借助BAGEL4等生物信息学分析工具鉴别植物乳杆菌素合成相关的基因簇,分析不同来源植物乳杆菌的益生潜力.结果 5株植物乳杆菌基因组平均鸟嘌呤和胞嘧啶(guanine and cytosine,GC)含量为44％,母乳源植物乳杆菌基因数量多于婴儿肠道源菌株.进化树和平均核苷酸一致性分析结果显示,分离所得菌株具有较高的同源性,相同来源的菌株更倾向于聚类到一个分支.功能注释结果显示,母乳源菌株与肠道源菌株相比拥有更多编码碳水化合物代谢的基因,且拥有完整的产植物乳杆菌素基因簇.结论 植物乳杆菌基因组GC含量、功能基因数目及产细菌素基因簇结构等与分离源有一定的关联,母乳源植物乳杆菌更适于作为潜在益生菌的候选菌株,本研究为益生菌的益生潜力研究提供了遗传学基础.
其他文献
蛋白质-多糖复合物结构的形成基础是分子间相互作用,包括共价和非共价相互作用.在特定加工条件下,由于分子间作用力的驱动,蛋白质和多糖可组装形成分子水平-微观水平-宏观水平上的多尺度复合物.而调控蛋白质-多糖复合物多尺度结构的形成,发挥不同组分的协同增效作用,对于设计具有特定或新功能的蛋白质-多糖复合物具有重要意义.本文以蛋白质与多糖分子间的相互作用为出发点,综述了蛋白质-多糖复合物多尺度结构的形成及其对功能特性的影响,同时介绍了蛋白质-多糖多尺度复合体系的应用前景,以期为设计和开发功能优异的蛋白质-多糖复合
目的 探讨来源于冷冻整鸡样本的单株猪红斑丹毒丝菌致病性、耐药性及生物学特征,为该菌防治提供科学依据.方法 通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法(matrix assisted laser desorption ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS)和全基因组测序技术进行菌株鉴定和分子生物学研究,采用纸片扩散法(K-B法)检测其耐药表型,通过体外生物被膜形成实验检测其生物被膜形成能力,通过ParSNP构建亲缘关系图.结果 MALD
目的 研究2种不同非线性曲线拟合方式对乳饮料中蔗糖检出限含量的不确定度评定.方法 参考JJF 1059—2012《测量不确定度评定与表示》,采用变量代换和乘幂方式的线性化法,通过高效液相色谱-蒸发光散射检测器法测定乳饮料中蔗糖的含量方法建立数学模型,对各个不确定度因素进行评估.结果 蔗糖平均含量为0.21 g/100 g,变量代换线性化法扩展不确定度为27.8％,乘幂方式的线性化法扩展不确定度在95％置信区间下为3.3％.k=2.结论 乘幂方式的线性化法适用于不确定度的评定.
目的 研制食品检测用大肠埃希氏菌标准物质.方法 采用冷冻干燥技术制备含量为4×104～5×104 CFU/样品的标准物质,参照CNAS—GL29:2010《标准物质/标准样品定值的一般原则和统计方法》,随机抽取20件样品进行均匀性检验,采用单因素方差分析对结果进行统计分析;将样品分别于-20、4、25℃条件下保藏,对其储藏稳定性和运输稳定性进行评价;并组织3家实验室进行协同标定;并使用20件食品作为基质,按照GB 4789.3—2016《食品安全国家标准食品微生物学检验大肠菌群计数》检验大肠埃希氏菌标准物
金黄色葡萄球菌是常见的食源性致病菌之一,肠毒素是导致金黄色葡萄球菌污染食物中毒的最主要原因.现有肠毒素检测方法包括免疫学方法、分子生物学方法、生物传感器方法和质谱法等.各方法均存在优劣,酶联免疫法作为现有国家、行业标准推荐方法,虽然灵敏度高,但存在交叉反应,且价格昂贵.质谱分析技术具有高通量、专属性强等优点,已成为近年肠毒素检测技术研究热点.由于食品基质含有脂质、糖类等多种复杂成分,对肠毒素的分离与检测具有较强的干扰,因此选择恰当的样品前处理方法是实现肠毒素准确检测的关键.本文分别从肠毒素性质、肠毒素检测
目的 研究食源性食品中ST198型肯塔基沙门菌的分子流行病学及耐药特性.方法 对2019年7月至2020年5月从陕西省汉中市7家不同超市采集的冷冻整鸡和猪肉馅进行肯塔基沙门菌分离鉴定、血清型分型、药物敏感试验及全基因组测序.结果 158份冷冻整鸡和163份猪肉馅中共分离鉴定出129株沙门菌,其中从6家超市共分离到14株ST198型肯塔基沙门菌.药物敏感试验显示,14株ST198型肯塔基沙门菌均为多重耐药菌,所有菌株同时对5类及以上抗菌药物耐药;对左氧氟沙星、多西环素、卡那霉素、链霉素、四环素、环丙沙星耐药
以缺铁的铁蛋白和橙皮素为原料,在pH 9条件下制备铁蛋白-橙皮素共价复合物,探讨共价结合对蛋白结构和理化性质的影响。结果表明,橙皮素与铁蛋白的共价作用降低了铁蛋白的荧光强度并产生红移现象,改变了铁蛋白的结构。铁蛋白-橙皮素共价复合物的溶解度改变,等电点降低,其铁氧化沉淀活性提高,铁的还原释放活性降低。同时,共价复合物的热稳定性增强。铁蛋白-橙皮素复合物的形成赋予了铁蛋白新的功能特性,对探究食品组分相互作用,开发基于铁蛋白的相关食品或药品具有一定的理论指导。
维生素MK-4在食品、保健和制药工业中被广泛用于膳食补充剂和药物治疗。为了获得1株四烯甲萘醌MK-4的高产菌株,对细胞膜的稳态进行了系统的分析和优化。首先,对出发菌株Bacillus subtilis BC04细胞膜的完整性相关的基因进行整合分析,发现膜蛋白相关基因srfAD对MK-4的积累有重要的影响;然后对流动性、渗透性相关基因进行整合分析,找到了影响MK-4积累的基因ypkP和fadR。通过组合优化,确定优势菌株为BF14,其整合了基因srfAD、ypkP,敲除了基因fadR。BF14在40℃条件下
以往河道整治工程后评价往往采用比较分析法等定性方法,文章首次在河道整治工程中采用模糊层次分析法(FAHP)对工程效果进行量化评价,更为直观评价工程实施效果,实践结果表明该方法的尝试取得了良好效果,工程实施基本成功.
目的 研制均一性和稳定性符合能力验证要求的沙门氏菌能力验证样品,并应用于乳粉中沙门氏菌检测的能力验证.方法 选取本实验室保存的ATCC、CMCC标准菌株及食品中分离菌株作为能力验证样品的菌株来源,采用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱和全自动微生物分析系统进行种属确认,并对沙门氏菌标准菌株进行血清学分型;采用冷冻干燥技术制备沙门氏菌能力验证样品,取阴性、阳性各20个能力验证样品添加灭菌乳粉基质后按照国标方法进行均匀性检验,并参照CNAS—GL003:2018《能力验证样品均匀性和稳定性评价指南》,采用最大可