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在俄罗斯政治、经济体制体制改革的背景下，俄罗斯的科技体制改革也在进行。俄罗斯的科技体制改革的对象是苏联计划体制下的科研体制。在苏联解体前，苏联科技体制在组织上，是由国家计划控制的大而全的科研管理系统；在经费上，是百分之百的由国家预算划拨科研经费。从苏联解体（１９９１）到目前约１５年间，俄罗斯科技体制改革基本上没有间断，同时，俄罗斯国内对其科技体制如何改革以及科技体制改革的效果的争论也始终存在。
俄罗斯科研机构改革
俄罗斯科研机构继承了苏联在俄罗斯的科研机构，但出现了新的变化。俄罗斯科研机构在２０世纪９０年代总数略有下降，但数量变化不大（１９９９年为４０８９个，为１９９３年４２６９个的９５．８％）。科研机构的规模几乎缩小了一半（平均人数从１９９０年４１８人降至１９９９年２１３人）。这主要是经济衰退和通货膨胀等经济背景的直接作用的结果。在科技组织上，俄罗斯从１９９３年引进了实行联合国教科文组织实行的国际科学部门分类法，这既改变了对科研组织的统计隶属关系，实际上也实行了相应的管理关系的改革。其中，比较大的变化是政府部门系统的部分科研机构按照新的标准隶属于企业科研机构、国家科研机构、私人非盈利部门科研机构和高等学校科研机构，显然，政府主管部门所属的科研机构进行了“分流”，科学院系统的科研机构变成了国家科研机构，企业的研究机构有所提高，主要是将原有的不属于企业的设计局、设计和设计勘测组织和试验厂都变为企业进行统计。这样，在苏联时期政府主管部门所属的科研机构占６０％，而在目前（１９９１年和２００１年统计）企业的研究机构占５５％，显然科研机构的“主力军”发生了变化。
目前，在俄罗斯的科研组织中，企业基本上拥有了比较有自主性和独立性的科研组织。在苏联，企业作为行政隶属单位，缺少自主的研发动力、自主权和资金，企业无论在组织上还是实力上几乎没有大的研发力量。但是，在２１世纪初，这种情况已有改观。１９９９年，俄罗斯工业企业的创新支出经费有８４．５％为企业自有资金，显示了企业的自主性，而政府的预算资金仅为３．９％。目前，在研究与发展的投入比例中，企业约占７０％，政府约占２４％。但是，在实际运行中，比较普遍地遇到了资金困难。俄罗斯创新企业所占总企业的比例从１９８９年的６０％下降至１９９９年的６．２％，在近几年略有增长。企业科研组织的改革表明，俄罗斯企业科研组织的创新和发展（经济增长）在短期内并不完全同步。
需要注意的是，俄罗斯的工业企业的科研机构数量处于下降状态。１９９０年，俄罗斯工业企业从事研究与研制的组织为４４９个，１９９４年下降至２７６个，到１９９８年复降至２４０个，１９９９年回升至２８９个。１９９９年，俄罗斯工业企业的研究与研制的组织为研究与研制组织总数的７．１％，比１９９０年减少了一半。工业企业的研究与发展的支出占全部研究与发展的支出比例仅约１０％（２０００年），而中国约４５％（２０００年），芬兰约５０％（１９９３年）。显然， 俄罗斯工业企业的创新能力有所下降。
与工业企业有所不同，在企业中，原有作为科研单位转制为企业的非工业科研机构的创新效率除高新技术产品出口额有所提高之外，基本原因应该归结于推广了通过竞争取得研究经费的机制。２０００年，单位研究与发展资金创造的（三大论文索引收录的）科技论文的增长率，俄罗斯为３１２％，中国为－２０％，韩国为２３５％；单位研究与发展资金创造的本国发明专利的增长率，俄罗斯为４９．４％，中国为１５％，韩国为９１％；单位研究与发展资金创造的高新技术产品出口额，俄罗斯为０％，中国为３１７％，韩国为５２１％。
俄罗斯科研机构产权改革
产权和核算体制的彻底改革是俄罗斯科技组织改革的基础和配套体系。俄罗斯科技体制的产权和核算体制的基本特征，是研究机构形成明晰的产权关系，即股份化和私有化。
１９９６年，《俄罗斯联邦科学和国家政策法》将科研机构的地位由法律确定为承担民事责任的自然人或法人。俄罗斯科学院章程规定，“俄罗斯科学院是无期限限制的法人，它具有自主的财产、资产平衡表、在俄罗斯和其它国家银行和其他信用机关的用于联邦机关的法人账号和日常账号”。因此，在产权方面，它是明晰的，无论其行政隶属关系如何。这和苏联时期科研机构不同。
科研机构的产权关系有了比较大变化。１９９９年，科研机构的７２％成为独立的研究机构（１９９０年为５８％）。
所有制结构变化也比较大。在１９９３年至１９９９年中，科研机构的２６％进行了私有化。到１９９９年，私人所有的科研机构达到 ８．６％，国内混合所有的科研机构从１９９３年的１２．３％ 达到１９９９年的１６．６％，与国外混合所有的科研机构从１９９３年的０．０５％达到１９９９年的１．４２％。私有化的科研机构首先集中在大型工业企业的科研机构，科学院和高等学校的科研机构没有进行私有化。国家所有的科研机构从１９９３年的８４．３％下降到１９９９年的７１．８％。
俄罗斯科技管理组织改革
在苏联解体前，苏联一直缺乏对分散于不同部门（体系）的科学组织的总体领导和协调的力量，一直努力设立一个中央机关，统一协调管理科学技术事业，但均没有在实质意义上实现。进入２１世纪以来，俄罗斯国家行政机关对科研组织的管理机构进行了比较大的改革。２００１年，成立了俄罗斯总统科学与高技术顾问委员会。该机构是一个直接服务于总统的科技政策的咨询机构，主要任务是为制定国家科技政策和解决国家最迫切的科技任务提出建议。委员会有２５名成员，包括总统、俄罗斯科学院主席团主席、莫斯科大学校长等著名科学家。俄罗斯总统科学与高技术顾问委员会的成立，标志着俄罗斯对科学和高技术的高度重视，也使得国家对科技的领导更为直接、有力、有效，这是区别于苏联时期对科技部门分割、缺乏总体协调的一种重大改进措施。针对苏联时期科技与生产平行化问题（我国将类似问题概括为科研生产“两层皮”的问题），也就是科研和生产、经济建设脱节的问题，以及为了解决国防和民用科研的分割的问题，俄罗斯于２０００年将原有的经济部、科学技术部和国家安全委员会部分机构联合成立了新的科学技术行政管理机构——俄罗斯联邦工业科技部。它的成立，实际上是将科学技术研究和应用的两个体系进行统一的行政管理，而且，联邦工业科技部还主管国防科技工业，力图促进国防和民用的科研和生产进行融合。但是，目前为解决科学与高等教育分离的问题，俄罗斯科学技术部又重新划分为俄罗斯教育科学部，这显示了俄罗斯改革是一个探索过程。
俄罗斯高等教育科研机构改革
关于俄罗斯高等学校的科研机构在创新体系的作用，世界经济合作组织的报告认为，在科研机构的分类中，俄罗斯高等学校在５个创新主体中对整体的研究和发展贡献最小；并且在改革后变化不大。因此，２００１年９月５日，俄罗斯联邦政府通过了实施《“２００２－２００６年俄罗斯科学和高等教育一体化”联邦目标规划》的决议，分两个阶段完成科技教育一体化目标（第一阶段：从２００２－２００４年；第二阶段从２００５－２００６年）。
俄罗斯的科教一体化具有下述特点：
大学中从事科技创新的企业的数量发展较快，已经形成规模。俄罗斯在１９９９年拥有９３９所高等学校。２００２年已经成立了２２１７个大学科技园。可见，相当于平均每个高等学校有两个这种形式的科技创新型企业。这种新型企业２００２年的产值为５亿卢布，在规模上可以相当于（略低于）２００１年俄罗斯科学院全年支出（６亿卢布）的水平。
在不同的法人机构之间，如在科学院的科研院所和大学之间，一方提供给另一方的服务或资源是在核算（不同法人之间的有偿服务）基础上进行的。这与苏联计划体制下的合作方式不同，从而保证科技与教育的合作完全在市场体制下进行。
由于原有的苏联科学院有比较完善的研究生、博士生制度，所以，尽管俄罗斯科学院参与主办的类似于高等学校自办的教育机构还刚刚起步，但是，有科学院的科研人员参加的教学活动已经具有相当大的规模。
俄罗斯科学院在体制上的改革
俄罗斯科学院进行的体制上改革并不很大。改革的措施包括：成立了“俄罗斯科学院创新署”，任务是将其有商业价值的科研结果商业化，促进其科研院所与企业、高等学校合作。但是，这些改革还没有在根本上扭转俄罗斯科学院科技成果难以商业化的问题。从俄罗斯科学院的收入比例可以证实这一点。２０００年，在俄罗斯科学院的收入比例中，经济合同收入占１９．９８％，联邦预算占５９．５％，可以看出，通过合同带来的收入与苏联时期没有增长，说明科技成果的商业化进展不大。根据研究，苏联科学院已经在苏联末期就开始实行通过与工业或军工机构签定科研合同的方式获得相应科技收入。这种合同资金投入一般保持在不超过该科研院所总科研经费的２５％的范围。
俄罗斯创新促进组织状况
俄罗斯创新促进组织在改革后有比较大的增长。至２００１年３月，俄罗斯注册有２０个风险基金，总共管理着２０亿美元。其中只有１％的风险资本被引入高技术领域。投资到技术公司的资本不超过５００万美元。相关的直接从事创新支持的大公司包括：国家创新公司、俄罗斯金融公司、联邦和区域小企业支持基金、正在发起的风险创新基金等。
２００１年，俄罗斯建立了国家科学中心，并且正在建立一系列联邦科学和高技术中心。相关的科研机构还包括：在６０个高等学校建立了技术联营组织； 成立了１８个由国家财政支持的和１６个由地方财政支持的创新技术中心，该中心１９９８年共管理着２６６个小企业，１９９９年共管理着５００－６００个小企业。其中包括１８个由国家财政支持的创新技术中心，１９９８年产值为３．９亿卢布。１９９９年科学部会同其它部建立了创新生产联合体，联合体成员包括科研机构、创新技术中心和工业企业。
对俄罗斯科技体制改革的基本评价
第一，俄罗斯科技体制改革产生于私有化和市场化的经济体制改革。改革奠定了在科技领域引进市场经济机制的法律基础，该机制已经开始发挥作用。在体制上已经实现了科研组织多元化、研究与发展投入多元化以及技术成果商品化。新的国家对科技的宏观管理模式正在摸索中逐步建立。
第二，国家的经济体制改革在初期导致了国家对科技预算的急剧下降，从而导致了科研机构的研发人员数量锐减（整体数量约下降一半，２００１年：８８万人，是１９９０年人数的４５％）。因此，也导致了部分科技产出的下降，其中本国申请专利数量下降几乎一半（１９９２年：３３８６６件，１９９９年：１９９９０件），论文数量变动不大（１９８９年：４２３８５篇，２００３年：４４４３７篇），高新技术产品出口量变动不大（原来和现在都比较低）。
第三，经济体制改革和经济发展（特别是国家对科技预算的急剧下降作为科技的外生变量）对科技体制改革和科技发展产生了重要影响。因此，科技投入和产出的绝对量的某些下降不能仅视为科技体制改革的结果。应该看到，在资金、人员急剧缩减的情况下，保持的这一产出效果明显显示了产出效率在某种程度上相对的提高。显然，科研机构的企业化、资金投入竞争化已经使这些科研机构的绩效有所提高。
第四，在苏联时期就已经存在的科研和生产结合不紧密的问题似乎没有明显改善。特别是工业企业研发力量仍然薄弱，工业企业与科研机构的合作仍然不紧密，工业企业的科技创新积极性仍然不高。
第五，俄罗斯科学院、高等教育的科研机构改革刚刚开始，收效还不明显。
第六，军事科研民用化取得了一定进展。
总之，可以认为，俄罗斯科技体制改革才初露端倪，究竟成效如何还不能妄下结论。
俄罗斯科研机构改革
俄罗斯科研机构继承了苏联在俄罗斯的科研机构，但出现了新的变化。俄罗斯科研机构在２０世纪９０年代总数略有下降，但数量变化不大（１９９９年为４０８９个，为１９９３年４２６９个的９５．８％）。科研机构的规模几乎缩小了一半（平均人数从１９９０年４１８人降至１９９９年２１３人）。这主要是经济衰退和通货膨胀等经济背景的直接作用的结果。在科技组织上，俄罗斯从１９９３年引进了实行联合国教科文组织实行的国际科学部门分类法，这既改变了对科研组织的统计隶属关系，实际上也实行了相应的管理关系的改革。其中，比较大的变化是政府部门系统的部分科研机构按照新的标准隶属于企业科研机构、国家科研机构、私人非盈利部门科研机构和高等学校科研机构，显然，政府主管部门所属的科研机构进行了“分流”，科学院系统的科研机构变成了国家科研机构，企业的研究机构有所提高，主要是将原有的不属于企业的设计局、设计和设计勘测组织和试验厂都变为企业进行统计。这样，在苏联时期政府主管部门所属的科研机构占６０％，而在目前（１９９１年和２００１年统计）企业的研究机构占５５％，显然科研机构的“主力军”发生了变化。
目前，在俄罗斯的科研组织中，企业基本上拥有了比较有自主性和独立性的科研组织。在苏联，企业作为行政隶属单位，缺少自主的研发动力、自主权和资金，企业无论在组织上还是实力上几乎没有大的研发力量。但是，在２１世纪初，这种情况已有改观。１９９９年，俄罗斯工业企业的创新支出经费有８４．５％为企业自有资金，显示了企业的自主性，而政府的预算资金仅为３．９％。目前，在研究与发展的投入比例中，企业约占７０％，政府约占２４％。但是，在实际运行中，比较普遍地遇到了资金困难。俄罗斯创新企业所占总企业的比例从１９８９年的６０％下降至１９９９年的６．２％，在近几年略有增长。企业科研组织的改革表明，俄罗斯企业科研组织的创新和发展（经济增长）在短期内并不完全同步。
需要注意的是，俄罗斯的工业企业的科研机构数量处于下降状态。１９９０年，俄罗斯工业企业从事研究与研制的组织为４４９个，１９９４年下降至２７６个，到１９９８年复降至２４０个，１９９９年回升至２８９个。１９９９年，俄罗斯工业企业的研究与研制的组织为研究与研制组织总数的７．１％，比１９９０年减少了一半。工业企业的研究与发展的支出占全部研究与发展的支出比例仅约１０％（２０００年），而中国约４５％（２０００年），芬兰约５０％（１９９３年）。显然， 俄罗斯工业企业的创新能力有所下降。
与工业企业有所不同，在企业中，原有作为科研单位转制为企业的非工业科研机构的创新效率除高新技术产品出口额有所提高之外，基本原因应该归结于推广了通过竞争取得研究经费的机制。２０００年，单位研究与发展资金创造的（三大论文索引收录的）科技论文的增长率，俄罗斯为３１２％，中国为－２０％，韩国为２３５％；单位研究与发展资金创造的本国发明专利的增长率，俄罗斯为４９．４％，中国为１５％，韩国为９１％；单位研究与发展资金创造的高新技术产品出口额，俄罗斯为０％，中国为３１７％，韩国为５２１％。
俄罗斯科研机构产权改革
产权和核算体制的彻底改革是俄罗斯科技组织改革的基础和配套体系。俄罗斯科技体制的产权和核算体制的基本特征，是研究机构形成明晰的产权关系，即股份化和私有化。
１９９６年，《俄罗斯联邦科学和国家政策法》将科研机构的地位由法律确定为承担民事责任的自然人或法人。俄罗斯科学院章程规定，“俄罗斯科学院是无期限限制的法人，它具有自主的财产、资产平衡表、在俄罗斯和其它国家银行和其他信用机关的用于联邦机关的法人账号和日常账号”。因此，在产权方面，它是明晰的，无论其行政隶属关系如何。这和苏联时期科研机构不同。
科研机构的产权关系有了比较大变化。１９９９年，科研机构的７２％成为独立的研究机构（１９９０年为５８％）。
所有制结构变化也比较大。在１９９３年至１９９９年中，科研机构的２６％进行了私有化。到１９９９年，私人所有的科研机构达到 ８．６％，国内混合所有的科研机构从１９９３年的１２．３％ 达到１９９９年的１６．６％，与国外混合所有的科研机构从１９９３年的０．０５％达到１９９９年的１．４２％。私有化的科研机构首先集中在大型工业企业的科研机构，科学院和高等学校的科研机构没有进行私有化。国家所有的科研机构从１９９３年的８４．３％下降到１９９９年的７１．８％。
俄罗斯科技管理组织改革
在苏联解体前，苏联一直缺乏对分散于不同部门（体系）的科学组织的总体领导和协调的力量，一直努力设立一个中央机关，统一协调管理科学技术事业，但均没有在实质意义上实现。进入２１世纪以来，俄罗斯国家行政机关对科研组织的管理机构进行了比较大的改革。２００１年，成立了俄罗斯总统科学与高技术顾问委员会。该机构是一个直接服务于总统的科技政策的咨询机构，主要任务是为制定国家科技政策和解决国家最迫切的科技任务提出建议。委员会有２５名成员，包括总统、俄罗斯科学院主席团主席、莫斯科大学校长等著名科学家。俄罗斯总统科学与高技术顾问委员会的成立，标志着俄罗斯对科学和高技术的高度重视，也使得国家对科技的领导更为直接、有力、有效，这是区别于苏联时期对科技部门分割、缺乏总体协调的一种重大改进措施。针对苏联时期科技与生产平行化问题（我国将类似问题概括为科研生产“两层皮”的问题），也就是科研和生产、经济建设脱节的问题，以及为了解决国防和民用科研的分割的问题，俄罗斯于２０００年将原有的经济部、科学技术部和国家安全委员会部分机构联合成立了新的科学技术行政管理机构——俄罗斯联邦工业科技部。它的成立，实际上是将科学技术研究和应用的两个体系进行统一的行政管理，而且，联邦工业科技部还主管国防科技工业，力图促进国防和民用的科研和生产进行融合。但是，目前为解决科学与高等教育分离的问题，俄罗斯科学技术部又重新划分为俄罗斯教育科学部，这显示了俄罗斯改革是一个探索过程。
俄罗斯高等教育科研机构改革
关于俄罗斯高等学校的科研机构在创新体系的作用，世界经济合作组织的报告认为，在科研机构的分类中，俄罗斯高等学校在５个创新主体中对整体的研究和发展贡献最小；并且在改革后变化不大。因此，２００１年９月５日，俄罗斯联邦政府通过了实施《“２００２－２００６年俄罗斯科学和高等教育一体化”联邦目标规划》的决议，分两个阶段完成科技教育一体化目标（第一阶段：从２００２－２００４年；第二阶段从２００５－２００６年）。
俄罗斯的科教一体化具有下述特点：
大学中从事科技创新的企业的数量发展较快，已经形成规模。俄罗斯在１９９９年拥有９３９所高等学校。２００２年已经成立了２２１７个大学科技园。可见，相当于平均每个高等学校有两个这种形式的科技创新型企业。这种新型企业２００２年的产值为５亿卢布，在规模上可以相当于（略低于）２００１年俄罗斯科学院全年支出（６亿卢布）的水平。
在不同的法人机构之间，如在科学院的科研院所和大学之间，一方提供给另一方的服务或资源是在核算（不同法人之间的有偿服务）基础上进行的。这与苏联计划体制下的合作方式不同，从而保证科技与教育的合作完全在市场体制下进行。
由于原有的苏联科学院有比较完善的研究生、博士生制度，所以，尽管俄罗斯科学院参与主办的类似于高等学校自办的教育机构还刚刚起步，但是，有科学院的科研人员参加的教学活动已经具有相当大的规模。
俄罗斯科学院在体制上的改革
俄罗斯科学院进行的体制上改革并不很大。改革的措施包括：成立了“俄罗斯科学院创新署”，任务是将其有商业价值的科研结果商业化，促进其科研院所与企业、高等学校合作。但是，这些改革还没有在根本上扭转俄罗斯科学院科技成果难以商业化的问题。从俄罗斯科学院的收入比例可以证实这一点。２０００年，在俄罗斯科学院的收入比例中，经济合同收入占１９．９８％，联邦预算占５９．５％，可以看出，通过合同带来的收入与苏联时期没有增长，说明科技成果的商业化进展不大。根据研究，苏联科学院已经在苏联末期就开始实行通过与工业或军工机构签定科研合同的方式获得相应科技收入。这种合同资金投入一般保持在不超过该科研院所总科研经费的２５％的范围。
俄罗斯创新促进组织状况
俄罗斯创新促进组织在改革后有比较大的增长。至２００１年３月，俄罗斯注册有２０个风险基金，总共管理着２０亿美元。其中只有１％的风险资本被引入高技术领域。投资到技术公司的资本不超过５００万美元。相关的直接从事创新支持的大公司包括：国家创新公司、俄罗斯金融公司、联邦和区域小企业支持基金、正在发起的风险创新基金等。
２００１年，俄罗斯建立了国家科学中心，并且正在建立一系列联邦科学和高技术中心。相关的科研机构还包括：在６０个高等学校建立了技术联营组织； 成立了１８个由国家财政支持的和１６个由地方财政支持的创新技术中心，该中心１９９８年共管理着２６６个小企业，１９９９年共管理着５００－６００个小企业。其中包括１８个由国家财政支持的创新技术中心，１９９８年产值为３．９亿卢布。１９９９年科学部会同其它部建立了创新生产联合体，联合体成员包括科研机构、创新技术中心和工业企业。
对俄罗斯科技体制改革的基本评价
第一，俄罗斯科技体制改革产生于私有化和市场化的经济体制改革。改革奠定了在科技领域引进市场经济机制的法律基础，该机制已经开始发挥作用。在体制上已经实现了科研组织多元化、研究与发展投入多元化以及技术成果商品化。新的国家对科技的宏观管理模式正在摸索中逐步建立。
第二，国家的经济体制改革在初期导致了国家对科技预算的急剧下降，从而导致了科研机构的研发人员数量锐减（整体数量约下降一半，２００１年：８８万人，是１９９０年人数的４５％）。因此，也导致了部分科技产出的下降，其中本国申请专利数量下降几乎一半（１９９２年：３３８６６件，１９９９年：１９９９０件），论文数量变动不大（１９８９年：４２３８５篇，２００３年：４４４３７篇），高新技术产品出口量变动不大（原来和现在都比较低）。
第三，经济体制改革和经济发展（特别是国家对科技预算的急剧下降作为科技的外生变量）对科技体制改革和科技发展产生了重要影响。因此，科技投入和产出的绝对量的某些下降不能仅视为科技体制改革的结果。应该看到，在资金、人员急剧缩减的情况下，保持的这一产出效果明显显示了产出效率在某种程度上相对的提高。显然，科研机构的企业化、资金投入竞争化已经使这些科研机构的绩效有所提高。
第四，在苏联时期就已经存在的科研和生产结合不紧密的问题似乎没有明显改善。特别是工业企业研发力量仍然薄弱，工业企业与科研机构的合作仍然不紧密，工业企业的科技创新积极性仍然不高。
第五，俄罗斯科学院、高等教育的科研机构改革刚刚开始，收效还不明显。
第六，军事科研民用化取得了一定进展。
总之，可以认为，俄罗斯科技体制改革才初露端倪，究竟成效如何还不能妄下结论。